SARS-CoV-2 Infeksi dan Efektivitas Vaksin di Inggris (REACT-1): Serangkaian Survei Komunitas Acak Cross-sectional

Kontak: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:{0}}

Marc Chateau-Hyam, Haowei Wang*, Oliver Eales*, David Haw*, Barbara Bodinier*, Matthew Whitaker, Caroline E Walters, Kylie EC Ainslie, Christina Atchison, Claudio Fronterre, Peter J Diggle, Andrew J Page, Alexander J Trotter, Deborah Ashby, Wendy Barclay, Graham Taylor, Graham Cooke, Helen Ward, Ara Darzi, Steven Riley, Christl A Donnelly†, Paul Elliott, bekerja sama dengan konsorsium COVID-19 Genomics UK

Ringkasan

Latar Belakang: Inggris telah mengalami gelombang ketiga epidemi COVID{{{0}} sejak akhir 2 Mei{{40}}21, bertepatan dengan penyebaran cepat delta (B. 1.617.2) varian, meskipun tingkat vaksinasi yang tinggi di antara orang dewasa. Tingkat vaksinasi (dosis tunggal) di Inggris lebih rendah di antara anak-anak berusia 16–17 tahun dan 12–15 tahun, yang vaksinasinya di Inggris masing-masing dimulai pada bulan Agustus dan 2 September021. Kami bertujuan untuk menganalisis dinamika yang mendasari pola penggerak dalam prevalensi SARS-CoV-2 selama 2 September021, di Inggris. Metode: Kajian Real-time Assessment of Community Transmission-1 (REACT-1), yang memulai pengumpulan data pada 2 Mei02{{10{{128} }}}, melibatkan serangkaian survei cross-sectional acak pada populasi umum Inggris berusia 5 tahun ke atas. Menggunakan data positif swab RT-PCR dari {{20}} peserta dengan swab tenggorokan dan hidung yang valid di putaran 14 REACT-1 (9–27 September, 2021), kami memperkirakan prevalensi SARS-CoV berbasis komunitas-2 dan efektivitas vaksin terhadap infeksi dengan menggabungkan data putaran 14 dengan data dari putaran 13 (24 Juni hingga 12 Juli, 2021; n{{34} }). Temuan: Selama 2 September021, kami memperkirakan rata-rata tingkat kepositifan RT-PCR sebesar 0·83 persen (95 persen CrI 0.76–0·89), dengan nomor reproduksi (R) keseluruhan 1,03 (95 persen CrI 0,94–1·14). Di antara 475 (62,2 persen) dari 764 sekuens usap positif, semuanya adalah varian delta; 22 (4,63 persen ; 95 persen CI 3·07–6·91) termasuk mutasi Tyr145His pada protein lonjakan yang terkait dengan subgaris keturunan AY.4, dan ada satu mutasi Glu484Lys. Usia, wilayah, status pekerja kunci, dan ukuran rumah tangga secara bersama-sama berkontribusi pada risiko hasil swab positif. Prevalensi tertimbang tertinggi diamati di antara anak-anak berusia 5-12 tahun, pada 2,32 persen (95 persen CrI 1,96-2,73) dan mereka yang berusia 13-17 tahun, pada 2,55 persen (2·11-3 ·08). Epidemi SARS-CoV-2 tumbuh pada mereka yang berusia 5–11 tahun, dengan R 1,42 (95 persen CrI 1·18–1·68), tetapi menurun pada mereka yang berusia 18–54 tahun, dengan sebuah R dari 0.81 (0.68–0·97). Pada usia, 18–64 tahun, efektivitas vaksin yang disesuaikan terhadap infeksi adalah 62,8 persen (95 persen CI 49·3-72·7) setelah dua dosis dibandingkan dengan orang yang tidak divaksinasi, untuk semua vaksin yang digabungkan, 44,8 persen (22 ·5–60·7) untuk vaksin ChAdOx1 n Cov-19 (Oxford–AstraZeneca), dan 71·3 persen (56·6–81·0) untuk vaksin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech). Pada individu berusia 18 tahun dan lebih tua, prevalensi tertimbang dari swab positif adalah 0,35 persen (95 persen CrI 0,31-0,40) jika dosis kedua diberikan hingga 3 bulan sebelum swab mereka tetapi 0,55 persen ( 0·50–0·61) untuk mereka yang menerima dosis kedua 3–6 bulan sebelum swab mereka, dibandingkan dengan 1,76 persen (1·60–1·95) di antara individu yang tidak divaksinasi.Penafsiran:Pada bulan September 2021, pada awal masa sekolah musim gugur di Inggris, infeksi meningkat secara eksponensial pada anak-anak berusia 5-17 tahun, pada saat tingkat vaksinasi rendah pada kelompok usia ini. Pada orang dewasa, dibandingkan dengan mereka yang menerima dosis kedua kurang dari 3 bulan yang lalu, prevalensi swab positif yang lebih tinggi pada 3–6 bulan setelah dua dosis vaksin COVID-19 menunjukkan peningkatan risiko infeksi terobosan selama periode ini. . Program vaksinasi perlu menjangkau anak-anak serta orang dewasa yang tidak divaksinasi dan sebagian divaksinasi untuk mengurangi penularan SARS-CoV-2 dan gangguan terkait pada pekerjaan dan pendidikan. Departemen Pendanaan Kesehatan dan Perawatan Sosial, Inggris.

manfaat kesehatan cistanche: meningkatkan kekebalan

pengantar

Inggris telah mengalami salah satu infeksi SARS-CoV-2 dan tingkat kematian COVID-19 tertinggi di Eropa sejak awal pandemi. Namun, Inggris juga merupakan salah satu negara pertama yang menerapkan program vaksinasi nasional, mulai Desember 2020, dengan peluncuran ke populasi yang awalnya ditargetkan pada mereka yang paling berisiko, termasuk orang tua (dimulai dengan mereka yang berusia lebih dari atau sama dengan 80 tahun). tahun), pekerja perawatan kesehatan dan sosial, dan orang-orang dengan kondisi kesehatan tertentu.1

Penyebaran cepat varian delta (B.1.617.2) di Inggris dari Mei 2021, bertepatan dengan gelombang infeksi ketiga,2, dan prevalensi infeksi tetap tinggi hingga musim panas dan seterusnya. Selama Agustus 2021, insiden kasus infeksi SARS-CoV {-2 yang dikonfirmasi RT-PCR yang disajikan pada program pengujian nasional di Inggris (Pilar 2) meningkat secara bertahap lebih dari 10 persen secara keseluruhan.

Pada bulan September 2021, peluncuran program vaksinasi nasional melawan COVID-19 di Inggris diperpanjang untuk menawarkan dosis booster (ketiga), setidaknya 6 bulan setelah dosis kedua, kepada petugas kesehatan dan perawatan sosial, semua individu yang lebih tua dari 50 tahun, dan orang yang lebih muda berisiko. Perpanjangan ini juga termasuk vaksinasi anak usia sekolah yang lebih tua (berusia lebih dari atau sama dengan 12 tahun), yang awalnya ditawarkan dosis vaksin tunggal di seluruh Inggris. Namun, pada pertengahan September 2021, jumlah orang yang menerima dosis vaksinasi pertama turun ke level terendah (rata-rata hanya di bawah 21.000 dosis per hari di Inggris) sejak setidaknya pertengahan Januari 2021 (data paling awal tersedia untuk umum) . Meskipun demikian, pada 26 September 2021, hampir 90 persen individu berusia 18 tahun ke atas di Inggris telah menerima dosis pertama mereka, lebih dari 83 persen telah menerima dosis kedua, dan 13 persen telah menerima dosis vaksin ketiga. Di antara anak-anak berusia 12-17 tahun, 8,9 persen telah menerima dosis tunggal. Sekitar 53 persen orang dewasa divaksinasi dengan vaksin ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca) dan 47 persen dengan vaksin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) atau mRNA-1273 (Moderna);3 semua anak yang divaksinasi berusia 12–17 tahun menerima satu dosis vaksin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) atau mRNA-1273 (Moderna).

Pada awal September 2021, anak-anak berusia 5-17 tahun di Inggris kembali ke sekolah, dengan Departemen Pendidikan tidak lagi merekomendasikan perlunya menjaga kelompok anak-anak yang tidak konsisten (disebut sebagai gelembung sosial). Selanjutnya, sekolah tidak lagi diharapkan untuk melakukan pelacakan kontak, dengan kontak dekat di sekolah sekarang diidentifikasi oleh program pelacakan kontak nasional (Layanan Tes dan Pelacakan Layanan Kesehatan Nasional Inggris [NHS]).4 Selama bulan pertama ini anak-anak kembali ke sekolah , insiden kasus SARS-CoV-2 yang dikonfirmasi di Inggris yang tercatat melalui Pilar 2 turun ke titik terendah pada pertengahan September 2021, dan kemudian meningkat lagi, tetapi secara keseluruhan relatif stabil. Hal ini sangat kontras dengan situasi di Skotlandia, di mana insiden kasus dikonfirmasi SARS-CoV-2 meningkat lebih dari 450 persen selama Agustus, pada saat anak-anak usia sekolah (usia 5-17 tahun) di Skotlandia kembali ke sekolah.5 Tren tingkat nasional (dan lebih lokal) seperti itu sangat tergantung pada konteksnya, termasuk prevalensi lokal dan dinamika penularan varian delta, kembali ke sekolah, perubahan pola percampuran sosial, pekerjaan rumah versus kantor , dan tingkat kekebalan yang diinduksi vaksin dan didapat secara alami.

Di sini, kami menggambarkan dinamika yang mendasari pola pendorong dalam prevalensi SARS-CoV-2 selama September 2021, di Inggris dengan menganalisis kepositifan swab RT-PCR dari putaran keempat belas pengumpulan data Penilaian Transmisi Komunitas secara Real-time{{ 5}} (REACT-1) studi.6,7 Dalam putaran ini, usap tenggorokan dan hidung diperoleh dari sampel acak populasi Inggris dari 9 September hingga 27 September 2021. Kami juga menggabungkan data putaran 14 dengan data dari putaran 13, di mana swab diperoleh dari 24 Juni hingga 12 Juli 2021.

bubuk ekstrak cistanche

Metode

Populasi studi

Metode penelitian REACT-1 telah dilaporkan di tempat lain.7 Secara singkat: dengan pengumpulan data mulai 1 Mei 2020, kami mengundang sampel cross-sectional acak dari populasi di Inggris (berusia lebih dari atau sama dengan 5 tahun) ). Data diperoleh setiap bulan selama periode 2-3 minggu kecuali untuk Desember 2020, dan Agustus 2021, ketika tidak ada survei yang dilakukan. Pada setiap putaran pengumpulan data, nama individu dari daftar pasien NHS yang terdaftar di dokter umum di Inggris diundang untuk mengambil bagian dalam penelitian, berdasarkan daftar yang diperoleh dari NHS Digital.

Dari 1 Mei 2020 (awal putaran 1) hingga 3 Mei 2021 (akhir putaran 11), kami menargetkan jumlah peserta yang kira-kira sama di masing-masing dari 315 otoritas lokal tingkat bawah di Inggris (menggabungkan Kepulauan Scilly dengan Cornwall dan Kota London dengan Westminster), tetapi dari putaran 12 (20 Mei hingga 7 Juni 2021) dan seterusnya, kami memodifikasi prosedur pengambilan sampel untuk mendapatkan sampel acak yang sebanding dengan populasi di tingkat otoritas lokal tingkat bawah. Hal ini meningkatkan pengambilan sampel di area dalam kota dengan kepadatan populasi yang lebih tinggi, meskipun pelaporan prevalensi tidak terpengaruh karena kami menimbang data pada setiap putaran untuk mewakili Inggris secara keseluruhan (dijelaskan di bawah).

Pengujian RT-PCR dan data vaksinasi

Peserta memberikan swab tenggorokan dan hidung yang dilakukan sendiri (atau orang tua atau wali memperoleh swab untuk anak-anak berusia 5-12 tahun) mengikuti instruksi tertulis dan video. Swab dikirim ke laboratorium pusat untuk dianalisis dengan RT-PCR. Asam nukleat yang diekstraksi dianalisis untuk ada tidaknya SARS-CoV-2 dengan kit RT-qPCR ViroBOAR 1·0 (Eurofins Genomics, GmbH, Ebersberg, Jerman) untuk SARS-CoV{{10 }} pada Roche Lightcycler 480 II untuk mendeteksi secara paralel dua target gen: gen N dan gen E. Pengujian memiliki spesifisitas mendekati 100 persen dan batas deteksi sepuluh salinan per mikroliter. Sampel dianggap positif baik jika dua target gen (gen N dan gen E) terdeteksi atau jika gen N terdeteksi dengan nilai ambang siklus (Ct) kurang dari 37.

Untuk putaran 14, kami memodifikasi cara penanganan sampel swab. Dari putaran 1 (mulai 1 Mei 2020) hingga putaran 13 (berakhir 12 Juli 2021) kami menggunakan swab kering yang dikirim dalam keadaan dingin ke laboratorium melalui kurir untuk pengujian RT-PCR. Di babak 14, kami beralih ke swab basah dalam larutan garam, yang kemudian dialokasikan secara acak dengan basis 1:1 untuk dikirim melalui kurir (n=46 705 swab yang valid dikembalikan) atau melalui pos (n{{12} }).

Sebagai bagian dari studi REACT-1, kami memperoleh data tentang usia, jenis kelamin, alamat, dan kode pos tempat tinggal dari register NHS, dengan informasi lebih lanjut tentang demografi, kesehatan (termasuk status vaksinasi yang dilaporkan sendiri), dan gaya hidup yang diperoleh dari kuesioner online atau telepon. Peserta dimintai persetujuan untuk mengaitkan catatan NHS mereka, termasuk data dari program imunisasi -19 COVID. Status vaksinasi dari hubungan data diturunkan dengan asumsi bahwa satu dosis hanya akan efektif dari 14 hari atau lebih setelah injeksi. Oleh karena itu, orang yang tidak divaksinasi didefinisikan sebagai mereka yang belum menerima dosis vaksin apa pun atau menerima satu dosis kurang dari 14 hari sebelum swab; orang yang divaksinasi dosis tunggal didefinisikan sebagai mereka yang menerima satu dosis 14 hari atau lebih sebelum usap dan tidak ada dosis kedua atau dosis kedua kurang dari 14 hari sebelum usap, dan orang yang telah menerima dua dosis vaksin didefinisikan sebagai mereka yang telah menerima vaksin. dosis kedua mereka 14 hari atau lebih sebelum swabbing.

Urutan genom virus

Setelah pengujian RT-PCR, sampel positif dengan nilai gen N Ct kurang dari 34 dan dengan bahan yang cukup dibekukan dan dikirim untuk pengurutan genom virus di Quadram Institute, Norwich, Inggris. Protokol pengurutan ARTIC SARS-CoV-28 digunakan untuk amplifikasi RNA virus dan platform CoronaHiT digunakan untuk persiapan pustaka pengurutan.9 Pipa bioinformatika ARTIC10 digunakan untuk analisis data pengurutan, dan garis keturunan ditetapkan dengan PangoLEARN.11

Analisis statistik

Analisis statistik dilakukan dalam perangkat lunak R (R versi 4.0.5 (31/03/2021, Shake and Throw). Kami menghitung prevalensi SARS-CoV-2 yang tidak tertimbang berdasarkan sosiodemografi, pekerjaan, dan lainnya kelompok dengan membagi jumlah swab positif (dari RT-PCR) dengan jumlah swab valid yang dikembalikan.Kami menggunakan pembobotan rim12 untuk mendapatkan pembobotan prevalensi untuk mewakili populasi Inggris secara keseluruhan.

Kami menggunakan model pertumbuhan atau peluruhan eksponensial untuk menganalisis tren positif swab dari waktu ke waktu. Kami berasumsi bahwa jumlah sampel positif (dari jumlah total sampel) setiap hari muncul dari distribusi binomial berdasarkan hari swabbing atau, jika tidak tersedia, hari pengambilan sampel (kurir) atau pemindaian pertama sampel oleh petugas. Kantor Pos, jika dikirim melalui pos. Kami memperkirakan interval kredibel posterior (CrIs) menggunakan Sampler No-U-Turn bivariat dengan asumsi distribusi sebelumnya seragam pada probabilitas positif swab pada hari nol dan tingkat pertumbuhan.13 Kami memperkirakan nomor reproduksi (R) dengan asumsi waktu generasi terdistribusi gamma dengan parameter bentuk n=2·29 dan parameter laju =0·36 (sesuai dengan waktu pembangkitan rata-rata 6·29 hari).14

Kami menyesuaikan model Bayesian pinalized-spline (P-spline)16 ke data harian menggunakan data dari semua putaran REACT-1. Estimasi prevalensi harian positif swab menggunakan No-U-Turn Sampler di ruang logit, dengan data tersegmentasi ke dalam kira-kira 5-bagian hari dengan simpul spasi teratur (menyediakan keseimbangan yang tepat antara resolusi waktu dan kelayakan komputasi), dan simpul lebih lanjut termasuk di luar masa studi untuk meminimalkan efek tepi. Kami juga menyesuaikan P-splines ke data REACT-1 yang dikelompokkan berdasarkan usia seperti di atas, di mana P-spline cocok secara terpisah untuk setiap kelompok usia tetapi parameter pemulusan, , diasumsikan sebagai nilai pemasangan terbaik yang diperoleh untuk model yang cocok untuk semua data. Untuk kejelasan, meskipun perkiraan didasarkan pada kumpulan data REACT-1 lengkap, di sini kami hanya melaporkan perkiraan untuk hari pengumpulan putaran ke-14.

Kami memperkirakan efektivitas vaksin terhadap infeksi SARS-CoV-2 dengan menggabungkan data dari putaran 13 dan 14 untuk meningkatkan kekuatan statistik. Kami memperkirakan efektivitas vaksin sebagai rasio 1-odds (OR), di mana OR diperoleh dari model regresi logistik risiko positif swab pada vaksinasi ganda (yaitu, mereka dengan dua dosis, dengan dosis kedua diberikan lebih dari 14 hari). sebelum swabbing) dan individu yang tidak divaksinasi, dengan penyesuaian untuk putaran, kemudian tambahan untuk usia, dan jenis kelamin, dan penyesuaian lebih lanjut untuk indeks kuintil deprivasi ganda dan etnis. Kami memperoleh persetujuan etika penelitian dari Komite Etika Penelitian South Central-Berkshire B (Sistem Aplikasi Penelitian Terpadu [IRAS] ID: 283787).

manfaat ekstrak cistanche

Hasil

Dari 822176 individu yang diundang untuk berpartisipasi dalam putaran 14, 147393 (17,9 persen) terdaftar, dan 100527 (12,2 persen) memberikan swab dengan hasil RT-PCR yang valid, dengan 87966 (87,5 persen) menyetujui tautan data . Di babak 13, 841227 peserta diundang; 147332 terdaftar, dan 98233 (66,7 persen) di antaranya memberikan swab dengan hasil RT-PCR yang valid. Pengumpulan data terkait dari kedua putaran menghasilkan 172862 peserta, termasuk 102142 (49923 pada putaran 13 dan 52219 pada putaran 14) berusia 18–64 tahun yang dimasukkan dalam analisis efektivitas vaksin kami (Lampiran hal 7). Deskripsi karakteristik peserta REACT-1 dari putaran 13 dan putaran 14 menunjukkan bahwa mereka yang menyetujui hubungan data lebih cenderung laki-laki, berusia 45 tahun atau lebih, tidak tinggal di London, White, dari satu negara. rumah tangga orang, dan pernah mengalami gejala terkait COVID-19-. Sebagian besar perbedaan ini relatif kecil (Lampiran p 2). Prevalensi sedikit lebih tinggi dan nilai Ct untuk sampel positif sedikit lebih rendah pada swab yang dikumpulkan melalui kurir daripada yang dikirim melalui pos (Lampiran pp 3, 8).

Dari 100527 swab valid di putaran 14, 764 positif, memberikan prevalensi 0·83 persen (95 persen CrI 0·76–{{ 57}}·89) diberi bobot untuk mewakili populasi Inggris (Lampiran hal 4). Prevalensi tertimbang tertinggi selama 2 September021, diamati pada remaja berusia 13–17 tahun, sebesar 2,55 persen (95 persen CrI 2·11–3·08), dan pada anak-anak berusia 5–12 tahun, sebesar 2,32 persen (1·96–2·73; tabel 1, lampiran hal 9). P-spline untuk putaran 14, sesuai dengan data dari semua putaran REACT-1, menunjukkan tren yang stabil atau meningkat dalam prevalensi positif swab (gambar 1A), dengan R diperkirakan 1·{{68} }3 (95 persen CrI 0·94–1·14) di semua usia digabungkan (tabel 2). P-spline yang dipasang menunjukkan peningkatan prevalensi pada usia 5-11 tahun dan penurunan prevalensi pada usia 18-54 tahun (gambar 1B), dengan probabilitas posterior lebih besar dari 99 persen bahwa tingkat pertumbuhan berbeda antara kedua kelompok ini. R yang sesuai adalah 1·42 (95 persen CrI 1·18–1·68), dengan probabilitas posterior lebih besar dari 0·99 bahwa R lebih besar dari 1 pada usia 5–11 tahun; R adalah 0·95 (0·76–1·16), dengan probabilitas posterior 0.32 bahwa R lebih besar dari 1 pada mereka yang berusia 12–17 tahun; dan R adalah 0,81 (0,68-0,97), dengan probabilitas posterior 0,01 bahwa R lebih besar dari 1 pada mereka yang berusia 18-54 tahun (tabel 2).

Weighted prevalence also varied by region (table 1; appendix p 9), ranging from 0·57% (95% CrI 0·45–0·72) in the South East to 1·25% (1·00–1·57) in Yorkshire and The Humber. Within round 14, there was evidence of epidemic growth (with a posterior probability greater than 0·99 that R>1) di London, dengan R 1·59 (95 persen CrI 1·23–1·99), dan di East Midlands, dengan R 1·36 (1·05–1·73; tabel 2) .

Kami menemukan prevalensi positif swab yang lebih tinggi di antara peserta etnis kulit hitam, pada 1,41 persen (95 persen CrI 0·91–2·19), dibandingkan dengan peserta kulit putih, pada 0 ·78 persen (0·72–0·85; tabel 1). Peserta yang tinggal di rumah tangga yang lebih besar memiliki prevalensi tertimbang yang lebih tinggi daripada mereka yang berada di rumah tangga yang lebih kecil, mulai dari 0·33 persen (95 persen CrI 0·25–0·44) untuk satu orang rumah tangga menjadi 1,75 persen (1·24–2·46) untuk rumah tangga dengan enam orang atau lebih (tabel 1). Prevalensi juga lebih tinggi pada rumah tangga dengan satu atau lebih anak, sebesar 1,37 persen (95 persen CrI 1·22–1·52), dibandingkan dengan 0·40 persen ({{4{ {49}}}}·35–0·46) untuk rumah tangga tanpa anak; dan prevalensi tertimbang adalah 7,35 persen (6·50–8·31) di antara mereka yang melaporkan kontak dengan kasus COVID-19 yang dikonfirmasi, dibandingkan dengan 0.43 persen (0.38 –0.49) di antara mereka yang tidak memiliki kontak tersebut (Tabel 1).

Menggunakan status vaksinasi yang dilaporkan sendiri, kami menemukan prevalensi yang lebih tinggi pada peserta yang tidak divaksinasi (semua usia), pada 1,73 persen (95 persen CrI 1,42–2·12), dibandingkan dengan mereka yang melaporkan dua dosis vaksin, pada {{8 }}·56 persen ({{10}}·50–0·62; tabel 1).

Dalam analisis regresi logistik multivariabel, pekerja kunci selain pekerja layanan kesehatan dan pekerja rumah perawatan memiliki peningkatan risiko positif swab dibandingkan dengan pekerja lain (OR 1,35 [95 persen CI 1,10-1,66]; tabel 3) . Kepositifan swab juga lebih tinggi dengan bertambahnya ukuran rumah tangga (saling disesuaikan OR 1·77 [95 persen CI 1·44–2·17] untuk rumah tangga yang terdiri dari tiga hingga lima orang dan 2·37 [1,62–3·47] untuk rumah tangga enam orang atau lebih), dibandingkan dengan rumah tangga dengan satu atau dua orang.

Kami mengumpulkan data vaksin terkait dari putaran 13 dan 14 (172862 peserta secara keseluruhan, 19325 usia)<18 years,="" 102142="" aged="" 18–64="" years,="" and="" 51395="" aged="" ≥65="" years).="" because="" of="" the="" relatively="" small="" numbers="" of="" individuals="" vaccinated="" below="" the="" age="" of="" 18="" years,="" corresponding="" participants="" (n="19325)" were="" excluded="" from="" our="" vaccine="" effectiveness="" analyses.="" weighted="" prevalence="" was="" higher="" for="" those="" who="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" than="" for="" those="" whose="" second="" dose="" was="" up="" to="" 3="" months="" before="" their="" swab="" (0·55%="" [95%="" cri="" 0·50–0·61]="" vs="" 0·35%="" [0·31–0·40];="" figure="" 2a;="" appendix="" p="" 5).="" the="" weighted="" prevalence="" for="" individuals="" whose="" second="" dose="" was="" administered="" more="" than="" 6="" months="" before="" their="" swab="" was="" similar="" to="" that="" of="" those="" vaccinated="" within="" 3–6="" months="" of="" their="" swab,="" at="" 0·52%="" (95%="" cri="" 0·33–0·78),="" but="" with="" a="" wider="" credible="" interval.="" the="" age="" distribution="" of="" participants="" by="" vaccination="" status="" indicated,="" as="" expected="" from="" the="" age-based="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" aged="" 35="" years="" and="" older="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses="" compared="" to="" those="" who="" had="" received="" a="" single="" dose,="" or="" those="" who="" were="" unvaccinated="" (appendix="" p="" 5).="" nevertheless,="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses,="" we="" observed="" similar="" age="" distributions="" in="" people="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" or="" more="" than="" 6="" months="" before="" swabbing.="" regardless,="" in="" individuals="" aged="" 18="" years="" and="" older="" with="" linked="" data="" on="" vaccination="" status,="" the="" weighted="" prevalence="" in="" unvaccinated="" people,="" at="" 1·76%="" (95%="" cri="" 1·60–1·95),="" was="" three="" to="" five="" times="" higher="" than="" in="" double-vaccinated="" individuals,="" at="" 0·47%="" (0·43–0·51).="" reflecting="" the="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" who="" were="" unvaccinated="" or="" who="" had="" a="" single="" dose="" of="" the="" vaccine="" were="" younger="" (≤54="" years)="" than="" those="" with="" two="" doses="" (figure="" 2b;="" appendix="" p="" 5).="" however,="" in="" double-vaccinated="" participants,="" there="" was="" an="" apparent="" trend="" of="" increasing="" weighted="" prevalence="" in="" each="" age="" group="" for="" those="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" compared="" to="" those="" who="" were="" vaccinated="" up="" to="" 3="" months="" before="" (figure="">

Perkiraan efektivitas vaksin diperoleh dengan kumpulan data terkait untuk putaran 13 dan 14 yang digabungkan untuk individu berusia 18–64 tahun saja, karena hanya sedikit orang yang berusia lebih dari 65 tahun yang tidak divaksinasi (1·1 persen ), dan, sebagaimana dicatat, beberapa orang yang lebih muda dari 18 tahun tahun divaksinasi (6,3 persen di putaran 13 dan 14 gabungan). Untuk semua individu berusia 18–64 tahun dan semua vaksin digabungkan, efektivitas vaksin terhadap infeksi adalah 66,3 persen (95 persen CI 55,3–74,7), dengan penyesuaian untuk putaran, dan 62,8 persen (49,3– 72·7) dalam model yang sepenuhnya disesuaikan. Perkiraan titik efektivitas vaksin yang sepenuhnya disesuaikan untuk vaksin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) dan mRNA-1273 (Moderna) sebanding (71,3 persen vs 75,1 persen , dengan interval kepercayaan yang jauh lebih luas untuk mRNA{{34) }} [Moderna] vaksin karena jumlah pengamatan yang lebih sedikit), dan lebih tinggi dari yang diperkirakan untuk vaksin ChAdOx1 nCov-19 (Oxford– AstraZeneca) (44·8 persen ). Namun, perbedaan estimasi efektivitas vaksin menurut jenis vaksin tidak mencapai signifikansi statistik pada tingkat signifikansi 0·05. Dimasukkannya istilah interaksi untuk vaksin per putaran tidak menunjukkan efek yang dimodifikasi di putaran 13 dan 14 (data tidak ditampilkan). Estimasi efektivitas vaksin pada model yang terbatas pada kasus simtomatik serupa dengan model yang juga mencakup kasus asimtomatik (tabel 4).

Garis keturunan dari 475 (62,2 persen) sampel yang diurutkan di antara 764 usapan positif adalah semua varian delta atau subgaris keturunan dari delta. AY.4 adalah sublineage yang paling terdeteksi, mewakili 61·5 persen (95 persen CI 57·0–65·7) dari sampel yang diurutkan, dan ada tujuh sampel dengan mutasi lonjakan tunggal yang menarik seperti yang didefinisikan oleh Public Health England (sekarang Badan Keamanan Kesehatan Inggris): Glu484Lys, Asn501Tyr, Phe490Ser, Arg246Gly, Val483Phe, Pro251Leu, dan Gln613His (lampiran hal 6). Kami mengidentifikasi 22 sampel (delapan dengan garis keturunan B.1.617.2 dan 14 garis keturunan AY.4) termasuk mutasi Tyr145His pada protein spike, terkait dengan subgaris delta AY.4.2, sesuai dengan 4,63 persen (95 persen CI 3·07–6·91) dari semua garis keturunan ditentukan.

meningkatkan kekebalan kapsul cistanche

Diskusi

Dalam penelitian REACT-1 putaran keempat belas ini, kami menemukan prevalensi positif swab SARS-CoV-2 yang tinggi dan meningkat di antara anak-anak usia sekolah di Inggris selama September 2021, yang mencerminkan peningkatan pencampuran sosial anak-anak sebagai mereka bersekolah untuk semester musim gugur. Pada saat yang sama, kami menemukan penurunan prevalensi di antara orang dewasa muda hingga setengah baya (18-54 tahun). Pengamatan ini mungkin mencerminkan efek dari infeksi alami sebelumnya, terutama di antara orang dewasa muda yang tingkat infeksinya tinggi,17 dan peluncuran program vaksinasi yang berkelanjutan di Inggris. Mulai April 2021, program vaksinasi COVID-19 nasional diperluas untuk mencakup orang dewasa di bawah 50 tahun,18 dosis vaksin tunggal untuk remaja yang lebih tua (berusia 16–17 tahun) mulai Agustus 2021, dan dosis tunggal untuk anak-anak berusia 12–15 tahun dari pertengahan September 2021.

Mulai pertengahan hingga akhir Desember 2021, semua anak berusia 12 tahun ke atas ditawarkan dosis vaksin kedua, dan dosis ketiga (penguat) sedang diluncurkan untuk populasi orang dewasa berusia 18 tahun ke atas. Seperti dalam laporan kami sebelumnya19 (putaran 13), kami menemukan bahwa semua usapan yang diurutkan adalah varian delta dan turunannya, yang menunjukkan penggantian alfa dan varian lain yang hampir lengkap oleh delta di Inggris pada waktu itu. Kami mendeteksi satu kemungkinan lolos dari mutasi Glu484Lys, yang diterjemahkan ke dalam perkiraan 984 infeksi semacam itu di Inggris dengan batas kepercayaan 95 persen lebih rendah dari 159. Secara keseluruhan, ada tujuh sampel dengan mutasi lonjakan tunggal yang menarik, seperti yang didefinisikan oleh Public Health England. 22 sampel tambahan termasuk mutasi Tyr145His pada protein lonjakan yang terkait dengan sublineage AY.4.2.

Proporsi AY.4 yang sesuai dari 4,63 persen (95 persen CI 3,07–6,91) di semua garis keturunan sejalan dengan 6 persen kasus yang dilaporkan oleh Public Health England pada minggu yang dimulai 27 September 2021.20 Vaksinasi telah terbukti sangat efektif melawan komplikasi parah COVID-19, termasuk rawat inap dan kematian, tetapi tidak ada kejelasan tentang perlindungan terhadap infeksi. Meskipun perkiraan efektivitas vaksin terhadap infeksi hingga 90 persen telah dilaporkan, berdasarkan pengujian rutin individu yang bergejala,21 di sini kami melaporkan perkiraan efektivitas vaksin terhadap infeksi sebesar 63 persen dari REACT-1 putaran 13 dan 14, ketika varian delta mendominasi.

Temuan ini mirip dengan apa yang dilaporkan dalam data terkait untuk putaran 13 saja,19 tetapi dengan menggabungkan data dari kedua putaran 13 dan 14 kami juga dapat memperkirakan efektivitas vaksin untuk ChAdOx1 nCov-19 (Oxford– AstraZeneca) dan vaksin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) secara terpisah. Meskipun interval kepercayaan tumpang tindih, hasil kami menunjukkan efektivitas yang lebih tinggi terhadap infeksi dengan vaksin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) dibandingkan dengan vaksin ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca). Perbedaan yang lebih besar antara vaksin dilaporkan dalam penelitian sebelumnya,22 dan oleh Public Health England (sekarang UK Health Security Agency [UK HSA]) berdasarkan pengujian rutin kasus simtomatik.23 Meskipun demikian, perlu dicatat bahwa efektivitas vaksin khusus untuk populasi dan waktu sehingga perkiraan ini mencerminkan kinerja vaksin di Inggris selama periode waktu tertentu (yaitu, Juni–September 2021). Sejak itu, varian omicron (B.1.1.529) menjadi dominan di Inggris pada Desember 2021, dengan studi oleh UK HSA menunjukkan efektivitas vaksin yang lebih rendah terhadap infeksi simtomatik untuk omicron dibandingkan dengan delta.24

Studi kami menunjukkan bahwa prevalensi swab positif di antara individu yang tidak divaksinasi (termasuk semua anak berusia 5-11 tahun) atau individu yang menerima satu dosis vaksin (termasuk anak-anak berusia 12-17 tahun) adalah tiga hingga empat kali lebih tinggi daripada orang yang divaksinasi ganda. , tetapi juga menunjukkan bahwa prevalensi swab positif yang menunjukkan infeksi terobosan setelah vaksinasi dua dosis dapat meningkat setelah 3-6 bulan. Selain itu, kami menemukan bahwa orang yang tinggal di rumah tangga yang lebih besar, dan orang yang tinggal di rumah tangga dengan anak-anak, memiliki tingkat positif swab yang lebih tinggi daripada mereka yang berada di rumah tangga yang lebih kecil atau mereka yang tidak memiliki anak dalam rumah tangga tersebut. Temuan tingkat prevalensi tertimbang tertinggi dalam positif swab selama putaran 14 pada anak-anak berusia 5-11 tahun dan 12-17 tahun menimbulkan kekhawatiran bagi anak-anak yang sangat rentan secara klinis serta kontak dekat yang sangat rentan secara klinis, termasuk anggota rumah tangga dan staf sekolah.

Pada akhir Desember 2021, anak-anak yang rentan secara klinis berusia 5-11 tahun akan ditawarkan dua dosis vaksin. Ada juga kekhawatiran tentang dampak pendidikan bagi sejumlah besar anak-anak yang harus putus sekolah ketika dinyatakan positif akibat tingginya tingkat infeksi SARS-CoV-2. Temuan bahwa prevalensi lebih dari tiga kali lebih besar untuk individu dalam rumah tangga dengan satu atau lebih anak daripada individu dalam rumah tangga tanpa anak menunjukkan bahwa infeksi pada anak-anak, tidak mengejutkan, menyebar ke kelompok usia lain. Viral load yang lebih tinggi terkait dengan varian delta pada individu yang lebih muda dibandingkan dengan varian sebelumnya25-27 juga dapat meningkatkan efisiensi penularan pada anak-anak dan oleh karena itu berkontribusi pada infeksi dalam rumah tangga yang lebih tinggi. Pada 27 September 2021, hanya 1.214 (6·3 persen ) anak-anak berusia 12–17 tahun yang telah divaksinasi dalam studi REACT-1, sehingga tidak memungkinkan perluasan yang berarti dari analisis efektivitas vaksin kami ke kelompok usia tersebut di putaran 14.

Studi lebih lanjut tentang efektivitas vaksin diperlukan mengingat peningkatan pesat dalam infeksi omicron di Inggris mulai Desember 2021, dan peluncuran vaksinasi dosis ganda untuk anak-anak sekolah berusia 12-15 tahun, dosis booster pada usia 16-17 tahun, dan pada orang dewasa. berusia 18 tahun ke atas. Selain itu, studi berbasis komunitas seperti REACT-1 memungkinkan estimasi efektivitas vaksin terhadap infeksi di antara mereka yang tidak bergejala maupun infeksi bergejala. Meskipun setelah kampanye vaksinasi telah terjadi pemisahan relatif antara infeksi SARS-CoV-2 dan rawat inap dan kematian di Inggris,2 tetap ada kekhawatiran tentang potensi tingkat infeksi yang tinggi dan kekebalan populasi yang tidak lengkap untuk menghasilkan peningkatan risiko komplikasi parah dari COVID-19. Inggris, sama dengan Inggris Raya lainnya dan beberapa negara lain (terutama Israel28), memulai kampanye untuk meluncurkan dosis (penguat) ketiga—mulai Oktober 2021, di Inggris. Ini awalnya melibatkan prioritas orang dewasa berusia 50 tahun ke atas, pekerja kesehatan dan perawatan sosial, dan orang muda yang berisiko, tetapi peluncuran itu kemudian diperluas ke semua orang dewasa berusia 18 tahun ke atas pada akhir Desember 2021.29 Pemantauan berkelanjutan dari epidemi di Inggris dan di tempat lain akan menjadi penting untuk mengukur sejauh mana dosis booster pada orang dewasa dan vaksinasi pada anak-anak mengurangi penularan varian baru SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian seperti varian omicron.

Penelitian kami memiliki keterbatasan. Sejak studi REACT-1 memulai pengumpulan data pada Mei 2020, kami mengamati penurunan bertahap dalam tingkat respons, dari 30,5 persen pada putaran 1 menjadi 11,7 persen pada putaran 13. Namun, pada putaran 14, respons tingkat meningkat sedikit menjadi 12·2 persen. Peningkatan ini, meskipun kecil, cukup menggembirakan. Mungkin saja perubahan lebih lanjut pada survei dapat lebih meningkatkan partisipasi. Perubahan penggunaan swab basah dalam larutan garam dan pengumpulan sampel tanpa rantai dingin (melalui pos atau kurir) mungkin mempengaruhi sensitivitas diagnostik. Kami diyakinkan oleh perbedaan terbatas antara sampel yang dikumpulkan melalui pos dan kurir.

Namun, karena sistem yang tepat yang digunakan pada putaran sebelumnya (penyeka kering dan rantai dingin berkelanjutan) tidak dibandingkan di sekitar, kami tidak dapat memperkirakan dampak dari pendekatan baru dibandingkan dengan yang digunakan pada putaran sebelumnya. Keterbatasan lebih lanjut adalah bahwa kami tidak memiliki data yang akurat tentang status vaksinasi semua peserta. Meskipun persetujuan untuk keterkaitan data berada pada tingkat yang tinggi (87,5 persen di babak 14), tidak semua peserta setuju untuk mengaitkan dengan catatan NHS mereka, yang mencakup data dari program imunisasi COVID-19. Bagi mereka yang datanya tidak terkait, data tanggal vaksinasi dan jenis vaksin hilang atau kurang dapat diandalkan dibandingkan data terkait; oleh karena itu, kami mendasarkan perkiraan kami tentang efektivitas vaksin pada subset peserta dengan catatan terkait. Pendekatan ini mungkin telah menimbulkan bias sejauh mereka yang menyetujui dan tidak menyetujui hubungan data mungkin berbeda dalam hal-hal penting, seperti pola percampuran sosial, yang mungkin mempengaruhi risiko infeksi.

Selain itu, untuk perkiraan kami tentang efektivitas vaksin berdasarkan jenis vaksin, meskipun kami mengontrol usia dan bulat dalam sampel kami, amplitudo perbedaan antara vaksin mungkin dilebih-lebihkan. Ini karena ada pola usia tertentu yang berbeda dalam pemberian vaksin (dengan vaksin ChAdOx1 n Cov-19 [Oxford–AstraZeneca] yang telah diberikan terutama kepada orang yang berusia Lebih dari atau sama dengan 40 tahun) serta perbedaan dalam dinamika transmisi untuk kelompok usia yang menerima vaksin yang berbeda. REACT-1 tidak berada di lapangan selama Agustus 2021, jadi ada penundaan hampir 2 bulan antara akhir putaran 13 pada 12 Juli, dan awal putaran 14 pada 9 September 2021.

Meskipun ada kemungkinan bahwa perkiraan efektivitas vaksin dapat bervariasi selama periode ini, kami tidak menemukan bukti interaksi antara efek bulat dan vaksin. Sebagai kesimpulan, kami menemukan bukti peningkatan prevalensi swab positif di antara anak-anak usia sekolah serta prevalensi positif swab yang lebih tinggi 3-6 bulan setelah vaksinasi dua dosis terhadap COVID-19 pada orang dewasa. Upaya berkelanjutan untuk memvaksinasi anak-anak usia sekolah dan memberikan dosis booster untuk semua orang dewasa berusia 18 tahun dan lebih tua akan membantu untuk melawan penurunan kekebalan pada tingkat individu dan populasi. Pada musim dingin di Inggris, NHS biasanya berada di bawah tekanan dari influenza dan virus lainnya, dan ini telah diperburuk selama Desember 2021, dengan peningkatan pesat dalam infeksi omicron. Oleh karena itu penting bahwa program vaksinasi mempertahankan cakupan yang tinggi, termasuk booster, dan menjangkau proporsi yang tinggi dari anak-anak dan orang dewasa yang tidak divaksinasi atau sebagian divaksinasi untuk mengurangi penularan SARS-CoV-2 dan gangguan terkait pada pekerjaan dan pendidikan.

suplemen cistanche tubolosa: meningkatkan kekebalan

Referensi

1 Komite Bersama tentang Vaksinasi dan Imunisasi. Saran tentang kelompok prioritas untuk vaksinasi COVID-19, 30 Desember 2020.

2 Riley S, Wang H, Eales O, dkk. REACT-1 laporan putaran 12: kebangkitan infeksi SARS-CoV-2 di Inggris terkait dengan peningkatan frekuensi varian Delta. medRxiv 2021; diterbitkan online 21 Juni.

3 NHS Inggris. Vaksinasi COVID-19.

4 Departemen Pendidikan Inggris. Panduan: tindakan untuk sekolah selama wabah virus corona. 2 Juli 2020.

5 Berita BBC. Murid-murid Skotlandia pertama kembali ke sekolah untuk masa jabatan baru di luar level nol. BBC.

6 Riley S, Ainslie KEC, Eales O, dkk. Kebangkitan SARS-CoV-2: deteksi oleh surveilans virus komunitas. Sains 2021; 372: 990–95.

7 Riley S, Atchison C, Ashby D, dkk. Penilaian Real-time Transmisi Komunitas (REACT) virus SARS-CoV-2: protokol studi. Selamat Datang Open Res 2020; 5: 200.

8 Protokol pengurutan J. nCoV-2019 Cepat v3 (Locost). 2020; diterbitkan online 25 Agustus. https://www.protocols.io/view/ncov-2019- sequencing-protocol-v3-Locost-bh42j8ye (diakses 4 Mei 2021).

9 Baker DJ, Aydin A, Le-Viet T, dkk. CoronaHiT: sekuensing throughput tinggi genom SARS-CoV-2. Med Genom 2021; 13:21.

10 [Tidak ada penulis yang terdaftar]. Jalur pipa Nextflow untuk menjalankan alat bioinformatika lapangan jaringan ARTIC. Github.

11 [Tidak ada penulis yang terdaftar]. Penugasan Filogenetik Bernama Global Outbreak LINEages (PANGOLIN). Github.

12 Sharot T. Pembobotan hasil survei. J Mark Res Soc 1986; 23: 269–84. 13 Hoffman MD, Gelman A. Sampler no-U-turn: secara adaptif mengatur panjang jalur di Hamiltonian Monte Carlo. J Mach Belajar Res 2014; 15: 1533–623.

14 Bi Q, Wu Y, Mei S, dkk. Epidemiologi dan penularan COVID-19 pada 391 kasus dan 1286 kontak dekat mereka di Shenzhen, Cina: studi kohort retrospektif. Lancet Infect Dis 2020; 20: 911–19.

15 Wallinga J, Lipsitch M. Bagaimana interval generasi membentuk hubungan antara tingkat pertumbuhan dan jumlah reproduksi. Proc Biol Sci 2006; 274: 599–604.

16 Lang S, Brezger A. Bayesian P-Splines. Statistik J Comput Graph 2004; 13: 183–212.

17 Kantor Statistik Nasional. Wawasan terbaru Coronavirus (COVID{}}): infeksi. 7 Januari 2022.

18 Departemen Kesehatan dan Perawatan Sosial Inggris. Siaran pers: Inggris bergerak ke fase peluncuran vaksin berikutnya karena target pemerintah tercapai lebih awal. 13 April 2021.

19 Elliott P, Haw D, Wang H, dkk. Pertumbuhan eksponensial, prevalensi tinggi SARS-CoV-2, dan efektivitas vaksin yang terkait dengan varian Delta. Sains 2021; 374: eabl9551.

20 Badan Keamanan Kesehatan Inggris. Varian SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian dan varian yang sedang diselidiki di Inggris. Pengarahan teknis 25. 15 Okt 2021.

21 Lopez Bernal J, Andrews N, Gower C, dkk. Efektivitas vaksin Covid-19 terhadap varian B.1.617.2 (Delta). N Engl J Med 2021; 385: 585–94.

22 Pouwels KB, Pritchard E, Matthews PC, dkk. Pengaruh varian Delta pada beban virus dan efektivitas vaksin terhadap infeksi SARS-CoV-2 baru di Inggris. Nat Med 2021; dipublikasikan secara online

23 Kesehatan Masyarakat Inggris. Laporan pengawasan vaksin COVID-19 (minggu 19 hingga 38). 14 Mei 2021.

24 Badan Keamanan Kesehatan Inggris. Varian SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian dan varian yang sedang diselidiki di Inggris. Pengarahan teknis: pembaruan tentang rawat inap dan efektivitas vaksin untuk Omicron VOC-

25 Jones TC, Biele G, Mühlemann B, dkk. Memperkirakan daya menular sepanjang perjalanan infeksi SARS-CoV-2. Sains 2021; 373: eabi5273.

26 Bellon M, Baggio S, Jacquerioz Bausch F, dkk. Kinetika viral load sindrom pernapasan akut parah coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pada anak-anak, remaja, dan orang dewasa yang bergejala. Clin Infect Dis 2021; 73: e1384–86.

27 Li B, Deng A, Li K, dkk. Infeksi dan penularan virus dalam wabah besar yang telah dilacak dengan baik yang disebabkan oleh varian Delta SARS-CoV-2. MedRxiv 2021; diterbitkan online 23 Juli.

28 Bar-On YM, Goldberg Y, Mandel M, dkk. Perlindungan booster vaksin BNT162b2 terhadap Covid-19 di Israel. N Engl J Med 2021; 385: 1393–400.

29 Badan Keamanan Kesehatan Inggris. Vaksinasi COVID-19: panduan vaksinasi booster untuk individu berusia 40 tahun ke atas.