Analisis Tubulus Proksimal Dan Glomerulus Ginjal
Mar 15, 2022
Kontak:{0}}/ WhatsApp: 008618081934791
Klik di sini untuk informasi tentang Bagian I (Pengantar, materi, dan metode) artikel ini.
Profil Proteomik Sel Dekat-Single Tubular Proksimal dan Glomerulus Ginjal Manusia Normal--Bagian II
Tara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, Swastika Sur1, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian2* dan Minnie M. Sarwal1* untuk Konsorsium Proyek Obat Presisi Ginjal (KPMP)
Hasil
Koleksi Ginjal Beku OCT Adalah Metode Pilihan untuk Proteomik Jaringan Ginjal
Untuk jumlah jaringan input yang sama, OCT dibekukanginjalmenghasilkan lebih banyak protein daripada bagian FFPE dari ginjal yang sama (OCT beku: 1871 ± 92 vs. FFPE: 296 ± 10 ng protein; p <0,0017) menunjukkan kemungkinan degradasi protein dalam FFPE, meskipun jaringan tertanam dalam parafin blok untuk<2 months.="" bulk="" proteomics="" data="" from="" the="" two="" human="">ginjal(#1, #2) menunjukkan tumpang tindih yang signifikan dari protein yang diidentifikasi dengan 84 persen tumpang tindih antara 2 ginjal OCT (batas reproduktifitas=13.52, nilai 97,96 persen dalam batas reproduktifitas) dan 83 persen tumpang tindih dari ginjal yang sama protein antara 2 ginjal FFPE (batas reproduktifitas=24.43, nilai 98,5 persen dalam batas reproduktifitas) (Tabel Tambahan 1 dan Gambar 2B). Di dalam setiap ginjal, terlepas dari metode penyimpanan jaringan, ~70 persen protein struktural ginjal (kebanyakan matriks ekstraseluler) dilestarikan, menunjukkan bahwa beberapa protein lebih disukai terdeteksi oleh setiap metode. Untuk mengevaluasi pengayaan protein apa yang terlihat di antara metode pengumpulan yang berbeda, kami menemukan bahwa proteomik jaringan OCT menghasilkan lebih banyak protein dengan jumlah spektral tinggi Lebih dari atau sama dengan 5 (rasio odds=1.460601; interval kepercayaan 95 persen {{21} }.238969, 1.722593; p=4.472e-06), yang mungkin mencerminkan pelestarian jaringan ginjal yang lebih baik pada OCT (Gambar 2C). Analisis proteomik jaringan OCT juga mengambil sampel protein yang lebih unik dibandingkan dengan jaringan FFPE (rasio odds=3.207089; interval kepercayaan 95 persen=2.371221, 4.370600; p=4.985e{{ 38}}) (Gambar 2D). Selain itu, banyak dari protein unik ini ditemukan dengan kelimpahan rendah dan lebih mungkin untuk dilewatkan, bahkan dengan waktu pengawetan jaringan ginjal yang sangat singkat dalam FFPE. Terlepas dari metode pengawetan jaringan, kami mencatat bahwa ada tumpang tindih yang kuat dalam jalur biologis umum. Jalur termasuk proses metabolisme molekul kecil (p=2.59E-121 untuk OCT dan p=2.15E-109 untuk FFPE), proses metabolisme asam karboksilat (p {{47 }}.62E-80 untuk OCT dan p=1.93 E-76 untuk FFPE), proses metabolisme asam organik (p=1.26E-76 untuk OCT dan p=3.62E-80 untuk FFPE) dan proses metabolisme obat (p=7.90E-83 untuk OCT dan p=4.01E{{64} } untuk FFPE). Data ini menyoroti bagaimana proteomik jaringan ginjal sangat dapat direproduksi, terlepas dari metode pengawetan jaringan untuk dua metode yang diuji.
Proteomik Jaringan Ginjal Sangat Dapat Direproduksi pada Jaringan Ginjal Beku OCT yang Diangkut
Kami menganalisis data yang dihasilkan di dua lokasi (UCSF dan Ohio State University) yang mengikuti protokol yang sama untuk melakukan proteomik massal, seperti yang dijelaskan di bagian metode. Hebatnya, ~70 persen protein umumnya diidentifikasi dalam yang samaginjaldiproses di dua lokasi berbeda dengan jumlah spektral Lebih besar atau sama dengan 5 (r=0.95, P < 0.0001)="" (data="" mentah="" disediakan="" dalam="" tabel="" tambahan="" 2).="" lebih="" penting="" lagi,="">ginjaldikirim dari situs pusat menghasilkan data yang sangat berkorelasi (r=0.89, P=0.0001) (Tabel Tambahan 2), yang mendukung bahwa protokol analitik pemrosesan jaringan yang ada cukup kuat.
Optimalisasi Pengambilan Sel Ginjal Menggunakan Laser Capture Microdissection (LCM)
Memvariasikan ketebalan bagian OCT yang dipasang pada slide PET dari yang samaginjal(n=2) diuji pada ketebalan 5, 10, dan 20 m, dalam rangkap tiga, untuk pengulangan LCM. Bagian 10 m ditemukan paling optimal pada pengujian LCM serial, menggunakan sistem Microdissection Laser Zeiss PALM MicroBeam (Cut Energy, 64; Cut Focus, 75). Sel-sel yang dipotong ditangkap pada tutup perekat. Selain pengulangan proses LCM, kami juga menemukan efisiensi penangkapan maksimum sel yang terlempar pada ketebalan bagian 10 m OCT.
Proteomik Sel Sub-kompartemen di Ginjal Manusia Normal Mengidentifikasi Protein Glomerulus dan Tubular Proksimal yang Diperkaya dan Unik
Di seberang 9 manusia normalginjalprocessed by nscProteomics, with input of an average of 10–40 cells input each/Glom and PT fraction, we identified an average of ~2,560 proteins/sample. Interestingly, ~20% of the total proteins assessed by nscProteomics, from either sub-compartment overlapped across compartments/cells and bulk tissue, representing likely housekeeping or more structural kidney proteins that are not compartment specific. In a direct comparison of the two sub-compartments, 208 proteins were enriched (>2 fold) in Glom, and 67 were completely unique to Glom (absent in PT); and conversely, 247 proteins were enriched (>2 kali lipat) di PT, dan 25 unik untuk PT (tidak ada di Glom) (Tabel Tambahan 3). Terlepas dari kumpulan sampel yang relatif kecil, kami juga melakukan validasi lintas-batch, memperlakukan setiap kumpulan proses sebagai kumpulan independen. Bahkan dengan satu set kecil yang unikginjal(2 dalam batch 1, 4 dalam batch 2), protein yang diperkaya 210 Glom sangat berkorelasi antara dua set independen, meskipun data ini berasal dari kohort normal yang berbeda.ginjal(r=0.83; Gambar 3A) dan dianalisis pada waktu yang berbeda. 246 Protein yang diperkaya PT juga dapat dikorelasikan antara dua kohort ginjal normal yang berbeda (r=0.77; Gambar 3B). Hasilnya menyoroti bahwa nscProteomics mampu mengidentifikasi protein spesifik sub-kompartemen yang dilestarikan ke unit fungsional yang berbeda dari ginjal secara reproduktif.
Gambar 3. (A) Korelasi satu set 210 protein yang diperkaya secara signifikan dalamglomerulusantara dua batch yang berbeda dari sampel ginjal independen. Batch 1 (run 1) berasal dari 2 ginjal dan Batch 2 (run 2) berasal dari 4 ginjal. Skala warna dipilih untuk penggambaran visual kelimpahan. Korelasi positif yang kuat sebesar 0.83 antara kelimpahan rata-rata dari kumpulan protein yang sama dari dua kelompok yang berbeda Garis putus-putus merah memberikan ukuran penyebaran dengan menggambarkan interval prediksi 95 persen untuk nilai kelimpahan rata-rata protein ini dalam percobaan ulangi di masa depan. (B) Korelasi 246 protein secara signifikan diperkaya dalamtubulus proksimalvs.glomerulusantara dua batch. Korelasi positif sebesar 0,77 antara kelimpahan rata-rata protein yang sama ini di antara kedua kelompok.
Untuk memastikan kekhususan pendekatan nscProtoemics untukginjalanalisis sub-kompartemen, kami membandingkan data nscProteomics sub-kompartemen ginjal Glom dan PT dengan proteomik massal dari kumpulan jaringan ginjal yang sama. Kami menemukan bahwa ~25 persen (n=656) protein yang diidentifikasi di kedua sub-kompartemen bahkan tidak terdeteksi oleh proteomik jaringan massal, karena kemungkinan kelimpahannya sangat rendah dalam sampel massal; Protein yang diperkaya 118 Glom dan 74 PT tidak dapat dideteksi dalam ginjal massal, menyoroti keterbatasan hanya melakukan proteomik jaringan massal. Hanya 9 persen protein spesifik Glom, tetapi sejumlah besar 48 persen protein spesifik PT, diidentifikasi oleh proteomik massal ginjal, yang mencerminkan kelimpahan sel PT yang jauh lebih tinggi daripada sel Glom dalam keadaan normal.ginjal. Faktanya, beberapa penanda yang diketahui untuk sel glomerulus seperti podocin (NPHS2), eva-1 homolog B (EVA1B), MARCKS like 1 (MARCKSL1), faktor pertumbuhan fibroblast 1 (FGF1), dan claudin 5 (CLDN5) dapat tidak diidentifikasi oleh proteomik massal ginjal pada kedalaman lari standar ~2,000.
cistanche untuk meningkatkanginjalfungsi
Validasi Penanda Glom dan PT sebagaimana Dinilai oleh nscProteomics
Mayoritas protein sub-kompartemen dilaporkan terdeteksi padaginjaloleh IHC dalam data yang diterbitkan sebelumnya (Human Protein Atlas) (25). Protein yang tidak terdeteksi oleh IHC (diberi label dengan *) atau data tidak tersedia (diberi label dengan **) ditunjukkan pada Gambar 4A, B. Kami mengambil 26 protein yang diperkaya glom dan 26 protein spesifik PT dan menginterogasi sel tunggal data transkriptomik (data scRNA Seq) untuk integrasi dan validasi "cross-omics" (Gambar 4B). Hasil analisis integratif atas penanda Glom dan PT oleh proteomik dan transkriptomik menunjukkan korelasi yang kuat dari beberapa protein penanda Glom dan PT yang diketahui. Penanda podosit seperti PODXL dan CLIC5 dan penanda PT seperti PDZK1 dan ANPEP sangat diperkaya di kedua kumpulan data. Selain memvalidasi penanda yang diketahui, nscProteomics juga telah mengidentifikasi protein yang diidentifikasi dalam kelimpahan rendah baik dalam set data transkriptomik atau set data IHC. Misalnya, PITPNB adalah penanda glomerulus yang sangat diperkaya oleh data nscProteomics; namun, deteksi gen ini rendah dalam data transkriptomik dan tidak terdeteksi oleh IHC (25). Kasus serupa diamati dengan SLC5A1, yang sinyalnya ditingkatkan dalam data nscProteomik tetapi tidak dalam set data transkriptomik atau IHC (Gambar 4C).
Gambar 4. (A) Heatmap menunjukkan distribusi diferensial kelimpahan protein di 5 normalginjal(batch 2), dari 26 protein (dari 372) paling signifikan diperkaya dalam G (vs T) dan 26 protein (dari 411) paling signifikan diperkaya dalam T (vs G), dengan nilai yang sesuai dalam 2 sampel Massal ditampilkan untuk perbandingan . Kelimpahan protein diukur sebagai log 2 mengubah intensitas relatif. Pengelompokan protein signifikan yang tidak diawasi menyoroti set protein yang terkait dengan ukuran kesamaan jarak Euclidean dalam set yang diperkaya yang lebih besar dan terdiferensiasi. Tercatat bahwa sampel curah mengelompok bersama dengan sampel PT; ini diharapkan karenatubulus proksimaltersebar secara melimpah di dalamginjal. (B) Korelasi plot ekspresi gen data scRNA-seq dari manusiaginjal. Gen yang mengkode protein spesifik Glom dan spesifik PT yang disajikan pada peta panas dipilih. Peningkatan ukuran titik sesuai dengan persentase sel yang lebih besar dalam populasi sel yang mengekspresikan gen, sedangkan warna yang lebih gelap sesuai dengan ekspresi gen yang lebih tinggi. PT,tubulus proksimal; Podo, podosit; Mes, sel mesangial; LOH, Loop of Henle, Sel imun; Endo, sel endotel; DT, tubulus distal; CD, saluran pengumpul. *Tanda di sebelah simbol gen menunjukkan bahwa protein tidak terdeteksi pada glomeruli seperti dilansir Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org), **Data tidak tersedia pada Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org). proteinatlas.org). (C) Protein representatif yang menunjukkan bagaimana nscProteomics tidak hanya mengidentifikasi penanda positif seperti PODXL dan PDZK1 tetapi juga mengidentifikasi penanda protein seperti yang terlewatkan oleh transkriptomik atau imunohistokimia.
Relevansi Biologis Glom dan PT Enriched Proteins
Kami menggunakan data yang dihasilkan melalui protokol yang dikembangkan untuk nscProteomics untuk melihat protein yang secara signifikan diperkaya baik dalam sel glomerulus atau seltubulus proksimalsel. Protein yang diperkaya 208 Glom diperkaya dalam transportasi yang dimediasi vesikel (FDR 3.6E-15) dan regulasi organisasi komponen seluler (FDR 9.75E-14) sebagai proses biologis teratas dan pengikatan protein sitoskeletal (FDR 2.63 E-19) dan pengikatan aktin (FDR 2.40E-17) di antara fungsi molekuler peringkat teratas. Selain itu, sitoskeleton aktin (FDR 3.73 E-25) dan adhesi fokal (FDR 4.07E-20) adalah komponen seluler yang diperkaya teratas. Protein yang diperkaya 247 PT diperkaya dalam proses metabolisme molekul kecil (FDR 7.55E-50) dan proses metabolisme obat (FDR 5.00E-41) sebagai proses biologis teratas. Protein diperkaya untuk aktivitas oksidoreduktase (FDR 9.07E-34) dan aktivitas katalitik (FDR 1.05E-27) di antara fungsi molekuler peringkat teratas.
nscProteomics Mengidentifikasi Set Unik Glom dan Protein PT
Terlepas dari protein yang diperkaya di bagian Glom atau PT, 92 protein unik untuk Glom (n=67) atau unik untuk PT (n=25), karena mereka hanya diidentifikasi di sel glomerulus atautubulus proksimalsel (Tabel 1). Protein yang diidentifikasi hanya dalam sel glomerulus diperkaya dalam fungsi molekuler seperti pengikatan aktin (FDR 4.92E-06), pengikatan protein sitoskeletal (FDR 3.47E-05), pengikatan integrin (3.9E{ {11}}), dll. Kami menggunakan daftar ini untuk menginterogasi data yang tersedia untuk umum yang sebelumnya telah melaporkan kehadiran mereka diglomerulus. Di antara 67 protein yang diidentifikasi hanya di bagian Glom, 41 telah dilaporkan hadir diginjal(25). Dari 41 protein ini, sebagian dari 18 (43,9 persen) sesuai dengan nscProteomic dan 23 (56,1 persen) dilaporkan tidak meningkat di Glom dibandingkan dengan tubulus. Di antara 25 protein yang diidentifikasi hanya di bagian PT, 20 telah dilaporkan hadir diginjal(25). Protein ini diperkaya dalam fungsi molekuler seperti aktivitas transporter transmembran anion organik (FDR 6.34E-05), aktivitas transporter transmembran asam karboksilat (FDR 1.4E-04), zat terlarut: aktivitas sodium symporter (FDR 1.8 E -04), dll. Dari 25 protein spesifik PT, subset dari 19 protein (95.0 persen ) sesuai dengan nscProteomics dan hanya 1 (5.0 persen ) yang dilaporkan tidak meningkat di tubulus dibandingkan dengan Glom.
Tabel 1. Protein yang diperkaya dalam glomerulus dantubulus proksimalsel diidentifikasi oleh nscProteomics.
Diskusi
Dengan kemajuan pesat genomik sel tunggal dan uji transkriptomik, masih ada kebutuhan yang belum terpenuhi untuk melakukan studi sel tunggal paralel pada sampel manusia yang berharga di bidang proteomik (27). Pemrofilan protein dari sel tunggal menghadapi hambatan dari kebajikan bahwa kita tidak memiliki kemampuan amplifikasi protein seperti kita dapat mengamplifikasi nukleotida. Dalam aplikasi pertama proteomik hampir sel tunggal pada manusiaginjal, kami menunjukkan bahwa kuantifikasi proteomik bebas label yang kuat layak untuk sedikitnya 40ginjalsel, khusus untuk sub-kompartemen LCM yang berbeda. Protokol yang dikembangkan untuk proteomik ginjal hampir sel tunggal akan bermanfaat bagi peneliti lain yang bekerja di bidang penyakit ginjal.
Sebuah studi baru-baru ini oleh Hoehne et al. mendemonstrasikan penggunaan teknologi Preparasi Sampel (SP3) yang Ditingkatkan Fase Padat Pot Tunggal untuk analisis proteomik segmen ginjal (4). Menggunakan glomeruli mikrodiseksi tunggal dengan ~200 sel, penulis menggambarkan heterogenitas proteom dari glomeruli tunggal dari model tikus dan pasien manusia. Studi terbaru lainnya oleh Song et al. (28) memanfaatkan jaringan FFPE dari penerima transplantasi ginjal untuk membuat platform diagnostik molekuler menggunakan proteomik massal. Dalam manuskrip ini, kami telah mengoptimalkan dan menganalisis dengan sangat rinci proses pengumpulan jaringan ke MS untuk menetapkan protokol standar untuk analisis proteomik sampel jaringan kecil. Pertama, kami membandingkan metode penyimpanan jaringan FFPE vs. OCT untuk menunjukkan bahwa meskipun ada korelasi tinggi antara kedua kumpulan data, jaringan OCT menghasilkan kandungan protein yang lebih tinggi dan yang lebih penting adalah kemampuan untuk mengidentifikasi protein dengan kelimpahan rendah. Kedua, protokol MS untuk proteomik massal telah dioptimalkan sedemikian rupa sehingga hasil yang sangat dapat direproduksi (r=0.95) dapat diperoleh di lokasi yang berbeda pada potongan serial, berdekatanginjalbagian jaringan. Ketiga, di mana kami menjelaskan pendekatan untuk menggabungkan mikrodiseksi penangkapan laser untuk mengurangi jumlah sampel input menjadi 10–40 sel dengan teknologi nano POTS yang terdiri dari platform robot untuk menangani volume pico-liter secara akurat. Pendekatan kami memungkinkan kami untuk mengontrol jumlah input sel sehingga meningkatkan reproduktifitas sampel glom dan tubulus yang berbeda. Karena kesederhanaan LCM dan keakuratan teknologi nano POTS, kami percaya bahwa penelitian kami akan memungkinkan adopsi proteomik pada spesimen klinis yang berharga dengan cara yang dapat direproduksi.
cistanche untuk mengobatiginjalfungsi
Keterbatasan penelitian ini meliputi ukuran sampel yang kecil dan keterbatasan jaringan yang tidak memungkinkan kami untuk melakukan validasi spasial jaringan secara imunohistokimia. Untuk mengurangi sebagian keterbatasan ini, kami menyediakan analisis data terintegrasi dengan data scRNA Seq dari jaringan yang sama untuk mengonfirmasi bahwa protein yang diidentifikasi dalamginjalsub-kompartemen juga diidentifikasi dalam sel jaringan asal yang sama dengan transkripsi. Keterbatasan tambahan adalah bahwa kami mengidentifikasi sejumlah protein yang dibatasi oleh nscProteomics, kemungkinan karena bahan input yang kecil, yang berisiko beberapa protein tidak diidentifikasi oleh MS karena mereka mungkin menyukai di bawah batas deteksi instrumen. Peningkatan sensitivitas instrumen dan ekstraksi protein dari input sampel kecil dapat membantu meningkatkan keterbatasan saat ini.
Kami mengakui bahwa ada banyak variabel yang dapat berkontribusi pada kualitas data. Waktu penyimpanan, fiksatif FFPE (yaitu, PFA vs. Glutaraldehid), lama waktu dalam fiksatif, waktu di dalam freezer/pada es kering/dalam nitrogen cair, pendekatan untuk pelarutan protein adalah beberapa faktor yang dapat berkontribusi pada hasil proteomik. Penting untuk disadari bahwa bahkan biologi duaginjaltidak selalu sama dan itu benar bahkan di dalam ginjal yang sama dengan glomerulus yang samaginjalbiopsi dapat berada pada keadaan fungsional yang berbeda. Secara histologis,ginjalkompartemen sangat heterogen bahkan dalam kondisi penyakit yang sama. Dengan menangkap daerah yang sama dari ginjal dari sampel input yang berbeda, nscProteomics memungkinkan interogasi heterogenitas dalam kompartemen subselular tertentu, yang merupakan kekuatan dari teknologi ini.
Kami mengamati bahwa beberapa protein sub-kompartemen yang diidentifikasi oleh nscProtoemics berpotensi glomerulus baru dantubulus proksimalprotein. Inovasi dalam analisis data integratif dengan Seq RNA sel tunggal yang samaginjalsampel, meskipun awal, akan memberikan konfirmasi bahwa protein ini memang terlokalisasi ke sub-wilayah sampel/prediksi mereka.
Studi ini memberikan wawasan tentang kompleksitas pola molekuler yang belum ditemukan diginjalsub-kompartemen kesehatan dan mendukung penerapan teknologi ini pada sampel penyakit ginjal untuk memahami gangguan protein di berbagai sub-kompartemen ginjal yang mungkin lebih terpengaruh pada gangguan ginjal yang berbeda. Regulasi diferensial dari protein-protein ini pada penyakit ginjal yang berbeda dapat mengungkap heterogenitas klinis dan prognostik dalam fenotipe penyakit glomerulus dan tubulus yang kompleks dan mengungkap pemicu baru kerusakan dan pemulihan ginjal. Selain itu, mengingat kurangnya obat pelindung ginjal, mengungkap jalur baru ini di daerah spesifik ginjal dapat memberikan target baru yang penting untuk desain obat rasional untuk mengatasi cedera spesifik pada sub-kompartemen yang berbeda dalam berbagai gangguan ginjal.
Jadi, sebagai kesimpulan, kami menyajikan alur kerja nscproteomik untuk menangani 10–40ginjalsel; perbaikan dalam teknologi ini membawa janji untuk mengurangi bahan masukan di masa depan ke tingkat sel tunggal. Perkembangan masa depan seperti volume pemrosesan yang dioptimalkan dan penyempurnaan lebih lanjut ke platform LC-MS sedang berlangsung.
Pernyataan Ketersediaan Data
Kumpulan data yang dihasilkan untuk penelitian ini dapat ditemukan di PRIDE PXD015058 dan 10.6019/PXD015058.
Kontribusi Penulis
TS dan MS membuat konsep penelitian. TS, JLi, JH, ACS, RZ, YZ, PR, ID, SS, JLu, dan YY membantu dalam pemrosesan sampel dan pembuatan data eksperimen, TS, PP, SR, AS, W-JQ, dan MS berkontribusi dalam analisis data dan persiapan naskah. Semua penulis berkontribusi pada artikel dan menyetujui versi yang dikirimkan.
Pendanaan
Pendanaan untuk pekerjaan ini berasal dariGinjalPrecision Medicine Project, NIDDK NIHUG3 -DK114937 (MS) dan R01 DK109720-02 (MS), DP3 DK110844 (W-JQ), R01 DK122160 (W-JQ), dan dukungan dari Divisi Multi -Transplantasi Organ (MS).
Konflik kepentingan
Para penulis menyatakan bahwa penelitian dilakukan tanpa adanya hubungan komersial atau keuangan yang dapat ditafsirkan sebagai potensi konflik kepentingan.
Ucapan Terima Kasih
Kami mengakui bantuan Zoltan Laszik dan Gyula Szabo dari UCSF untuk bantuan pemrosesan jaringan. Samir Parekh dan Brad Rovin dari Ohio State University (OSU), untuk kolaborasi spesifikasi massal pada proteomik massal dan QC untuk jaringan proteomik massal yang dibagi antara UCSF dan OSU, dan Jeff Hodgin dan Matthias Kretzler dari University of Michigan untuk memberikan akses ke referensiginjalsampel. Beberapa pekerjaan eksperimental yang dijelaskan di sini dilakukan di Laboratorium Ilmu Molekuler Lingkungan, Laboratorium Nasional Pacific Northwest, fasilitas pengguna ilmiah nasional yang disponsori oleh Departemen Energi di bawah Kontrak DEAC05-76RL0 1830.
Materi tambahan
Materi Tambahan untuk artikel ini dapat ditemukan secara online di: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.200.00499/full#supplementary-material
Singkatan
nscProteomik, proteomik hampir sel tunggal; KPMP,GinjalProyek Kedokteran Presisi; PT,tubulus proksimal; glomerulus, glomerulus; LCM, mikrodiseksi penangkapan laser; POTS, Pemrosesan Mikroliter dalam Satu Pot untuk Sampel Jejak; OCT, suhu pemotongan optimal; FFPE, parafin tetap formalin tertanam; UM, Universitas Michigan; OSU, Universitas Negeri Ohio; DDM, n-dodesil -D-maltosida; scRNA Seq, Sequencing RNA sel tunggal; IHC, imunohistokimia.
Dari: 'Proteomik Proteomik Sel Dekat-Single dari Tubular Proksimal dan Glomerulus Ginjal Manusia Normal' olehTara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, Swastika Sur1, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian2* dan Minnie M. Sarwal1* untuk Konsorsium Proyek Obat Presisi Ginjal (KPMP)
---Artikel RISET ASLI Depan. Med., 17 September 2020|https://doi.org/10.3389/fmed.200.00499
Referensi
1. Lee JW, Chou CL, Knepper MA. Urutan dalam dalam tubulus ginjal mikrodiseksi mengidentifikasi transkriptom spesifik segmen nefron J Am Soc Nephrol. (2015) 26:2669–77. doi: 10.1681/ASN.2014111067 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
2. Cisek K, Krochmal M, Klein J, Mischak H. Penerapan multi-omics dan biologi sistem untuk mengidentifikasi target terapeutik pada penyakit kronisginjalpenyakit. Transplantasi Nephrol Dial. (2016) 31:2003–11. doi: 10.1093/ndt/gfv364 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
3. Wu H, Humphreys BD. Janji sekuensing RNA sel tunggal untukginjalpenyelidikan penyakit. Ginjal Int. (2017) 92:1334–42. doi: 10.1016/j.kint.2017.06.033 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
4. Hohne M, Frese CK, Grahammer F, Dafinger C, Ciarimboli G, Butt L, dkk. Proteom nefron tunggal menghubungkan morfologi dan fungsi dalam proteinuricginjalpenyakit. Ginjal Int. (2018) 93:1308–19. doi: 10.1016/j.kint.2017.12.012 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
5. Wu H, Malone AF, Donnelly EL, Kirita Y, Uchimura K, Ramakrishnan SM, dkk. Transkriptomik sel tunggal manusiaginjalspesimen biopsi allograft mendefinisikan respon inflamasi yang beragam. J Am Soc Nephrol. (2018) 29:2069–80. doi: 10.1681/ASN.2018020125 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
6. Wilson PC, Humphreys BD. Transkriptomik sel tunggal ginjal dan organoid: akhir dari awal. Pediatr Nefrol. (2019) 35:191–7. doi: 10.1007/s00467-018-4177-y Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
7. Wu H, Kirita Y, Donnelly EL, Humphreys BD. Keuntungan dari nukleus tunggal dibandingkan sekuensing RNA sel tunggal dewasaginjal: jenis sel langka dan keadaan sel baru terungkap dalam fibrosis. J Am Soc Nephrol. (2019) 30:23–32. doi: 10.1681/ASN.2018090912 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
8. Shen Y, Tolic N, Massillon C, Pasa-Tolic L, Camp DG, Hixson KK, dkk. Proteomik ultrasensitif menggunakan mikro-SPE-nanoLC-nanoESI on-line efisiensi tinggi dan MS/MS. Kimia Anal. (2004) 76:144–54. doi: 10.1021/ac030096q PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
9. Sun L, Zhu G, Zhao Y, Yan X, Mou S, Dovichi NJ. Analisis bottom-up yang sangat sensitif dan cepat dari jumlah femtogram dari pencernaan proteom kompleks. Angew Chem Int Ed Engl. (2013) 52:13661–4. doi: 10.1002/anie.201308139 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
10. Zhu Y, Piechowski PD, Zhao R, Chen J, Shen Y, Moore RJ, dkk. Platform pemrosesan nanodroplet untuk profil proteom dalam dan kuantitatif dari 10-100 sel mamalia. Komunitas Nat. (2018) 9:882. doi: 10.1038/dtk41467-018-03367-w
Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
11. Xu K, Liang Y, Piechowski PD, Dou M, Schwarz KC, Zhao R, dkk. Alur kerja pemrosesan sampel yang kompatibel dengan Benchtop untuk pembuatan profil proteome dari<100 mammalian="" cells.="" anal="" bioanal="" chem.="" (2018)="" 411:4587–96.="" doi:="">
Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
12. Waanders LF, Chwalek K, Monetti M, Kumar C, Lammert E, Mann M. Analisis proteomik kuantitatif pulau pankreas tunggal. Proc Natl Acad Sci USA. (2009) 106:18902–7. doi: 10.1073/pans.0908351106 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
13. Wisniewski JR, Ostasiewicz P, Mann M. Pemulihan tinggi FASP yang diterapkan pada analisis proteomik dari jaringan kanker tertanam parafin tetap formalin yang dibedah mikro mengambil penanda kanker usus besar yang diketahui. J Proteome Res. (2011) 10:3040–9. doi: 10.1021/pr200019m PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
14. Chen Q, Yan G, Gao M, Zhang X. Profil proteom ultrasensitif untuk 100 sel hidup dengan injeksi sel langsung, pencernaan online, dan analisis nano-LC-MS/MS. Kimia Anal. (2015) 87:6674–80. doi: 10.1021/acs.analchem.5b00808 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
15. Li S, Plouffe BD, Belov AM, Ray S, Wang X, Murthy SK, dkk. Platform terintegrasi untuk isolasi, pemrosesan, dan profil proteomik berbasis spektrometri massa sel langka dalam darah lengkap. Proteomik Sel Mol. (2015) 14:1672–83. doi: 10.1074/MCP.M114.045724 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
16. Chen W, Wang S, Adhikari S, Deng Z, Wang L, Chen L, dkk. Teknologi berbasis ujung putaran yang sederhana dan terintegrasi diterapkan untuk pembuatan profil proteom dalam. Kimia Anal. (2016) 88:4864–71. doi: 10.1021/acs.analchem.6b00631 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
17. Huang EL, Piechowski PD, Orton DJ, Moore RJ, Qian WJ, Casey CP, dkk. SNaPP: platform nanoproteomik yang disederhanakan untuk analisis proteomik global yang dapat direproduksi dari jumlah protein nanogram. Endokrinologi. (2016) 157:1307–14. doi: 10.1210/en.2015-1821 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
18. Steffes MW, Schmidt D, McCrery R, Basgen JM, Studi Nefropati Diabetik Internasional G. Jumlah sel glomerulus pada subjek normal dan pada pasien diabetes tipe 1.GinjalInt. (2001) 59:2104–13. doi: 10.1046/j.1523-1755.2001.00725.x
Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
19. Tyanova S, Temu T, Cox J. Platform komputasi MaxQuant untuk proteomik senapan berbasis spektrometri massa. Protokol Nat. (2016) 11:2301–19. doi: 10.1038/nprot.2016.136 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
20. Perez-Riverol Y, Csordas A, Bai J, Bernal-Llinares M, Hewapathirana S, Kundu DJ, dkk. Basis data PRIDE serta alat dan sumber daya terkait pada tahun 2019: meningkatkan dukungan untuk data kuantifikasi. Asam Nukleat Res. (2019) 47:D442–50. doi: 10.1093/var/gky1106 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
21. Standar I. Metode dasar untuk penentuan Repeatability dan Reproducibility metode pengukuran standar, Akurasi (kebenaran dan presisi) metode pengukuran dan hasil. Bagian Standar Organ Int. (1994) 2:5725.
22. Bland JM, Altman DG. Metode statistik untuk menilai kesepakatan antara dua metode pengukuran klinis. Lanset. (1986) 1:307–10. doi: 10.1016/S0140-6736(86)90837-8 Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
23. Lundgren DH, Hwang SI, Wu L, Han DK. Peran penghitungan spektral dalam proteomik kuantitatif. Pakar Rev Proteomik. (2010) 7:39–53. doi: 10.1586/epr.09.69 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
24. Webb-Robertson BJ, Mccue LA, Waters KM, Matzke MM, Jacobs JM, Metz TO, dkk. Analisis statistik gabungan dari intensitas peptida dan kemunculan peptida meningkatkan identifikasi peptida signifikan dari data proteomik berbasis MS. J Proteome Res. (2010) 9:5748–56. doi: 10.1021/pr1005247 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
25. Uhlen M, Fagerberg L, Hallstrom BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Proteomik. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. (2015) 347:1260419. doi: 10.1126/science.1260419 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|Google Cendekia 26. Schroeder AW, Sur S, Rashmi P, Damm I, Zarinsefat A, Kretzler M, dkk. Manusia BaruGinjalSubset Sel Diidentifikasi oleh Mux-Seq. bioRxiv [Pracetak]. (2020) doi: 10.1101/2020.03.02.973925 Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
27. Marx V. Sebuah mimpi proteomik sel tunggal. Metode Nat. (2019) 16:809–12. doi: 10.1038/s41592-019-0540-6 PubMed Abstrak|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
28. Lagu L, Fang F, Liu P, Zeng G, Liu H, Zhao Y, dkk. Proteomik kuantitatif untuk memantau cedera transplantasi ginjal. Proteomik Clin Appl. (2020) 14:e1900036. doi: 10.1002/prca.201900036
Abstrak PubMed|Teks Lengkap CrossRef|beasiswa Google
