Analisis Data Pengurutan Generasi Berikutnya yang Tercatat dengan Baik Mengungkap Peningkatan Kasus Infeksi Ulang SARS-CoV-2 Dengan Omicron

SARS-CoV-2 telah bermutasi secara ekstensif sehingga menimbulkan varian yang menjadi perhatian (VOC) yang mengakibatkan lonjakan infeksi global. VOC Omicron menginfeksi kembali individu yang terpapar varian SARS CoV sebelumnya-2 dengan frekuensi yang lebih tinggi dibandingkan yang terlihat sebelumnya pada VOC non-Omicron. Analisis sub-garis keturunan yang terkait dengan infeksi primer Omicron dan infeksi ulang Omicron mengungkapkan bahwa kejadian infeksi ulang Omicron-Omicron terjadi dalam interval waktu yang lebih singkat dibandingkan yang terlihat setelah infeksi primer dengan VOC non-Omicron. Analisis kami menunjukkan bahwa satu infeksi dari SARS-CoV-2 mungkin tidak menghasilkan kekebalan pelindung yang diperlukan untuk bertahan melawan infeksi ulang dari garis keturunan Omicron yang baru muncul. Analisis ini dimungkinkan oleh Next Generation Sequencing (NGS) dari kelompok Denmark dengan metadata klinis pada kedua infeksi yang terjadi pada individu yang sama. Kami menyarankan agar kelanjutan COVID-19 NGS dan penyertaan metadata klinis diperlukan untuk memastikan pengawasan genomik SARS CoV-2 yang efektif, membantu pengobatan dan pengembangan vaksin, serta memandu rekomendasi kesehatan masyarakat.

cistanche tubulosa-meningkatkan sistem kekebalan tubuh

Organisasi Kesehatan Dunia telah menetapkan lima varian yang menjadi perhatian (VOC) untuk SARS-CoV-2, virus penyebab COVID-19: Alfa, Beta, Gamma, Delta, dan Omicron1. VOC dan varian baru ini masih menjadi hambatan besar dalam menghilangkan pandemi SARS-CoV-2. Penggunaan pengurutan generasi (NGS) dan metadata yang menyertainya telah memungkinkan pemahaman yang lebih baik tentang bagaimana VOC menyebar di antara host3–5. Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) telah mengkatalogkan lebih dari 12 juta rangkaian SARS-CoV-2 hingga saat ini3. Analisis data menunjukkan bahwa setiap VOC dikaitkan dengan tingkat penularan dan virulensi yang berbeda4,5 dan bahwa varian baru, termasuk varian yang beredar saat ini, mempunyai potensi untuk menginfeksi kembali inang meskipun ada upaya vaksinasi global6,7. Varian terbaru, Omicron, atau B.1.1.529, ditetapkan pada November 2021 sebagai VOC tak lama setelah identifikasi awal di Afrika Selatan dan Botswana1. Sub-garis keturunan Omicron dari BA.1, BA.2, dan BA.3 telah menyebar ke seluruh dunia, menjadi varian Omicron awal yang dominan, diikuti oleh BA.4 dan BA.5 pada minggu-minggu berikutnya1,8. Dengan pengecualian vaksin khusus Omicron yang baru-baru ini disetujui untuk digunakan di UK9 dan US10, vaksin DNA, RNA, dan protein utuh yang dirancang menggunakan rangkaian strain asli telah digunakan sebagai bagian dari upaya mengendalikan pandemi. Penelitian terbaru meneliti kasus-kasus baru infeksi Omicron yang menunjukkan pelepasan antibodi penetralisir yang dipicu oleh vaksin, sehingga menyebabkan peningkatan kasus infeksi terobosan11,12. Virus ini telah bermutasi secara signifikan menjadi VOC sejak awal wabah pada bulan Desember 2019. Antibodi yang diinduksi oleh vaksin yang mampu mengikat protein lonjakan yang telah menetralkan varian sebelumnya tampaknya kurang efektif, dan titer antibodi menurun seiring berjalannya waktu13,14. Imunitas yang diperoleh melalui antibodi yang diperoleh dari paparan VOC sebelumnya dianggap cukup untuk mencegah infeksi Omicron, namun, karena kombinasi dari berkurangnya antibodi dan mutasi varian, imunitas pasca-COVID-19 tidak memberikan perlindungan lengkap terhadap infeksi ulang oleh Omicron15.

manfaat suplemen cistanche-meningkatkan kekebalan tubuh

Studi kami tentang genomik infeksi virus dan infeksi ulang dari Omicron dan sub-garis keturunannya menggunakan kumpulan data berbasis di Denmark yang terdiri dari genom SARS-CoV-2 yang dianalisis melalui NGS. Setiap entri dianotasi dengan metadata untuk terjadinya infeksi ulang. Analisis menunjukkan bahwa infeksi ulang melalui VOC Omicron terjadi pada frekuensi yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan infeksi ulang sebelumnya melalui VOC non-Omicron. Analisis lebih lanjut terhadap sub-garis keturunan mengungkapkan bahwa infeksi ulang Omicron-Omicron terjadi dalam interval waktu yang lebih singkat dibandingkan dengan infeksi ulang VOC non-Omicron sebelumnya. Hal ini menunjukkan bahwa varian Omicron lebih mampu dan lebih cepat dalam menginfeksi ulang inangnya dibandingkan yang kita lihat sejauh ini dalam pandemi ini. Potensi mutasi yang mendorong pembentukan VOC baru dan infeksi ulang perlu dipantau terus-menerus untuk menginformasikan kebijakan kesehatan masyarakat yang sedang berjalan dan mengembangkan modalitas farmasi. Analisis yang disajikan di sini adalah contoh penelitian yang tidak akan mungkin terjadi tanpa kumpulan data yang kuat dan pemantauan genom yang berkelanjutan. NGS dari genom virus yang baru muncul perlu dilanjutkan di seluruh dunia dengan metadata yang lebih rinci untuk memberikan wawasan yang lebih baik mengenai perkembangan SARS-CoV-2. Penyatuan kumpulan data berbeda yang menyampaikan urutan genom virus, metadata, dan catatan kesehatan medis setiap individu yang terinfeksi atau terinfeksi ulang akan sangat penting untuk mencapai tujuan ini.

Hasil

SARS-CoV-2 Data Pengurutan Generasi Berikutnya

manfaat suplemen cistanche-cara memperkuat sistem kekebalan tubuh

Klik di sini untuk melihat produk Cistanche Meningkatkan Imunitas

【Minta lebih lanjut】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Aplikasi WhatsApp: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Kami melaporkan analisis kami terhadap Konsorsium Genom-19 COVID Denmark yang dapat diakses melalui GISAID yang memeriksa masing-masing kasus infeksi ulang inang di seluruh VOC, termasuk sub-garis keturunan3. Saat ini terdapat 21.708 entri infeksi ulang yang tersedia mulai 1 Maret 2020 hingga 28 Agustus 2022. Setiap entri melaporkan tanggal pengumpulan pasti infeksi awal dan infeksi ulang untuk individu yang sama, bersama dengan urutan NGS untuk genom virus infeksi kedua. Titik waktu infeksi primer dan infeksi ulang dicatat sebagai metadata inang, sehingga periode antar infeksi dapat diukur. Sebagian kecil entri kumpulan data (7595) melaporkan garis keturunan virus Pango dari kedua infeksi tersebut, selain tanggal pengumpulan, dan data NGS untuk sampel infeksi awal dan infeksi ulang dari individu yang sama. Tata nama garis keturunan Pango menggunakan NGS untuk mengklasifikasikan virus secara filogenetik berdasarkan komposisi genomnya yang mengarah pada identifikasi strain virus16,17. Mayoritas kumpulan data tidak memiliki data NGS untuk infeksi awal dan sebaliknya mengandalkan uji reaksi rantai polimer transkriptase terbalik (rtPCR) untuk menentukan apakah subjek positif mengidap SARS-CoV-2 pada tanggal yang dilaporkan. Tes rtPCR tidak menentukan garis keturunan virus Pango, dan oleh karena itu sampel tersebut tidak dimasukkan dalam analisis yang ditunjukkan pada Gambar 1. Karena sampel masih mengandung infeksi awal yang dikonfirmasi, sampel tersebut hanya dimasukkan pada Gambar 2a, sebagai NGS dari infeksi ulang memberikan konfirmasi varian garis keturunan Pango yang diperlukan untuk analisis. Sebagian kecil kasus, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

Persentase kasus infeksi ulang dan interval berdasarkan varian

Untuk setiap VOC berkarakter NGS yang ditemukan dan dilaporkan dengan data garis keturunan Pango terkait, kami menemukan peningkatan frekuensi infeksi ulang yang mendukung infeksi ulang dengan Omicron VOC (p <0.0001, uji Chi kuadrat) (Gbr. 1a). 26% orang yang terinfeksi jenis virus asli menunjukkan frekuensi infeksi ulang yang semakin tinggi dengan varian berikutnya. Mereka yang awalnya terinfeksi varian Alpha tidak mempunyai kasus infeksi ulang karena Alpha; namun, peningkatan frekuensi infeksi ulang dari Delta (2,3%, 169 kasus) dan Omicron (25,1%, 1875 kasus) diamati (Gambar 1a). Bagi mereka yang awalnya terinfeksi Delta, infeksi ulang akibat varian Delta terbatas (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

manfaat suplemen cistanche-cara memperkuat sistem kekebalan tubuh

Untuk menyelidiki hal ini lebih lanjut, kami mengelompokkan kasus infeksi ulang Omicron ke Omicron berdasarkan penunjukan sub-garis keturunan utamanya (Gbr. 1b). Garis keturunan BA.2, BA.4, dan BA.5 memiliki rangkaian asam amino lonjakan yang sama dibandingkan dengan garis keturunan Omicron lainnya. Hanya ada tiga perbedaan mutasi pada protein lonjakan antara BA.2 dan BA.4 dan BA.5: del69-70, L452R, dan F486V8. Terlepas dari kesamaan ini, frekuensi infeksi ulang Omicron-ke-Omicron yang tinggi dilaporkan dengan perbedaan yang signifikan antara distribusi jumlah yang diamati dan distribusi jumlah yang diharapkan, menunjukkan bahwa ada hubungan antara sub-garis keturunan Omicron untuk infeksi ulang dan bukan disebabkan oleh peluang (p <0.0001, uji Chi-kuadrat) (Gbr. 1b). Individu yang awalnya terinfeksi sub-garis keturunan BA.1 menyumbang frekuensi tinggi dari total infeksi ulang Omicron-to-Omicron (62%, 211 kasus) dengan infeksi kedua sebagian besar disebabkan oleh BA.2 (20%, 68 kasus) atau BA ,5 (30%, 102 kasus) (Gbr. 1b). Demikian pula, individu yang awalnya terinfeksi BA.2 menunjukkan frekuensi infeksi ulang yang relatif tinggi (38%, 129 kasus) dengan BA.5 (26,2%, 89 kasus) (Gbr. 1b). Infeksi yang ditetapkan sebagai "Lainnya" pada Gambar 1b tidak memiliki nomenklatur umum yang mendefinisikan garis keturunannya. Frekuensi infeksi ulang yang tinggi menunjukkan bahwa perbedaan karakteristik pada protein lonjakan BA.1 atau BA.2 dan BA.5 cukup tinggi untuk menghambat kemampuan antibodi penawar pasca-infeksi dari BA.1 atau BA.2 untuk berikatan dengan BA. ,5 protein lonjakan12,16. Silsilah BA.1, BA.4, dan varian Omicron dengan catatan lebih rendah lainnya memiliki tingkat infeksi ulang yang lebih rendah dibandingkan dengan BA.2 dan BA.5.

Gambar 1 Persen Kasus Infeksi Ulang dan Interval Berdasarkan Varian. Peta panas yang menunjukkan frekuensi total infeksi ulang antara dua varian untuk infeksi awal dan infeksi ulang di Denmark. Jumlah mentah ditampilkan di bawah nilai frekuensi dalam tanda kurung. Tidak ada data yang tersedia untuk kotak putih kosong. n=7467 kasus infeksi ulang. b Peta panas yang menunjukkan frekuensi infeksi ulang antara infeksi Omicron awal dan infeksi Omicron kedua berdasarkan sub-linage di Denmark. Jumlah mentah ditampilkan di bawah nilai frekuensi dalam tanda kurung. Tidak ada data yang tersedia untuk kotak putih kosong. n=340 Kasus infeksi ulang Omicron-to-Omicron. c Scatterplot menunjukkan waktu antar kasus (minggu) untuk infeksi pertama dan kedua dari varian berbeda di Denmark. Sarana kelompok ditunjukkan dengan garis hitam. Kotak merah menyoroti sejumlah kasus awal Omicron-to-Omicron yang disebutkan dalam teks yang terjadi sebelum periode 10-minggu. n=7467 kasus infeksi ulang. d Plot sebar untuk waktu antar kasus (minggu) untuk infeksi Omicron-to-Omicron berdasarkan garis keturunan di Denmark. Sarana kelompok ditunjukkan dengan garis hitam. Kotak merah menyoroti kasus-kasus awal Omicron-to-Omicron yang disebutkan dalam teks yang terjadi sebelum periode 10-minggu untuk sub-garis keturunan tertentu. n=340 Kasus infeksi ulang Omicron-to-Omicron.

Gambar 2 Persentase infeksi ulang dan jumlah pengurutannya. a Persentase pengurutan Denmark dari waktu ke waktu dikelompokkan berdasarkan varian yang direpresentasikan sebagai plot garis dengan hamparan plot batang yang mewakili persentase infeksi kedua yang dikelompokkan berdasarkan varian yang mencakup data NGS dan rtPCR. b Pengurutan penghitungan di seluruh dunia dikelompokkan berdasarkan benua selama periode interval satu bulan. Data juga ditampilkan sebagai persentase kasus yang diurutkan selama periode satu bulan pada gambar tambahan 2.

Menurunnya antibodi penetral setelah infeksi menimbulkan kekhawatiran mengenai berapa lama kekebalan alami akan bertahan pada individu tertentu. Model pra-Omicron memperkirakan efektivitas imunitas awal pasca infeksi lebih dari 9{26}}%, namun perkiraan ini menurun hingga kurang dari 10% setelah 108 minggu19. Gambar 1c dan d menunjukkan waktu antara infeksi oleh VOC pertama dan kedua yang terlihat selama pandemi. Tren bertahap dalam peningkatan waktu terjadinya infeksi ulang ditunjukkan pada berbagai VOC karena waktu kemunculan, penyebaran, dan dominasinya dalam pandemi (Gambar 1c). Secara khusus, kejadian infeksi ulang Omicron-to-Omicron muncul dalam waktu 3 minggu setelah infeksi awal, dengan rata-rata 22 minggu (Gbr. 1c). Dari infeksi ulang Omicron-ke-Omicron ini, 50 dari total 340 (14,7%) kasus terjadi dalam waktu 10 minggu setelah infeksi awal; ditandai dengan kotak merah pada Gambar 1c. Uji-t dilakukan untuk mengetahui signifikansi waktu antara infeksi ulang Omicron ke Omicron yang terjadi sebelum dan setelah 10 minggu. Kedua subkelompok ini menunjukkan signifikansi rata-rata waktu infeksi ulang (p <0,0001, 95% CI: 17,17–20,19). Hal ini mengarah pada analisis lebih lanjut untuk menentukan apa yang menyebabkan distribusi bimodal yang signifikan ini dalam kelompok infeksi ulang Omicron-Omicron. Infeksi ulang dari Gambar 1c ini dikelompokkan berdasarkan sub-garis keturunan pada Gambar 1d. Terjadinya infeksi ulang sebelum 10 minggu, ditandai dengan kotak merah pada Gambar 1d, sebagian besar terkait dengan BA.1 terlebih dahulu dan kemudian infeksi ulang dengan BA.2. Analisis Varians (ANOVA) dilakukan (data tambahan 1) antara kelompok-kelompok ini pada Gambar. 1d menunjukkan signifikansi antara perbedaan rata-rata untuk mayoritas karena ketersediaan data NGS yang diolah menggunakan bioinformatika untuk mengungkap garis keturunan Pango sampel dalam kumpulan data .

Persentase kasus infeksi ulang

Dengan menggunakan kumpulan data gabungan sampel NGS dan rtPCR seperti yang dijelaskan sebelumnya, jumlah infeksi ulang yang lebih tinggi telah dilaporkan dalam delapan bulan terakhir (21 Desember{12}}21 hingga Juli 2022) dibandingkan dengan VOC lain pada tahun lalu (Gbr. .2a). Proporsi sub-garis keturunan Omicron terhadap total infeksi di Denmark dirinci pada gambar tambahan. 1. Selama gelombang infeksi Omicron global, Denmark memiliki proporsi puncak infeksi ulang sebesar 19,5% dari total kasus yang diambil sampelnya pada Juli 2022. Sebagai perbandingan, puncak 1,4% dari total kasus selama gelombang Delta dilaporkan sebagai infeksi ulang. Perbedaan ini menyoroti tingginya tingkat infeksi ulang yang diamati selama perkembangan pandemi menjadi Omicron VOC. Lebih lanjut, data menunjukkan bahwa ketika varian infeksi dominan hampir merata sebesar 50% antara Delta dan Omicron, maka tidak terjadi pemerataan infeksi ulang. Infeksi ulang pada saat itu, Desember 2021, disebabkan oleh Delta pada 0,6% kasus, dan oleh Omicron pada 1,6% kasus. Ini adalah temuan penting antara Delta dan Omicron karena kemungkinan paparannya kira-kira sama, tetapi kemungkinan infeksi ulang tidak sama.

Diskusi

Hasil kami dalam cuplikan data regional yang tersedia menggambarkan dua konsep dasar. Pertama, individu terinfeksi ulang SARS-COV-2, dan infeksi ulang Omicron-ke-Omicron tampaknya terjadi berdekatan dengan frekuensi yang lebih tinggi dibandingkan infeksi ulang yang terkait dengan VOC sebelumnya. Sejumlah penelitian sebelumnya meneliti frekuensi infeksi ulang pada SARS-CoV-2, termasuk Omicron, dan meskipun jenis penelitian ini memberikan wawasan yang berharga, penelitian ini seringkali terbatas pada data PCR saja6,7,20, dan tidak menunjuk pada garis keturunan Pango sehingga membatasi kemampuan untuk mendapatkan wawasan tentang pandemi ini. Kedua, terdapat kebutuhan yang berkelanjutan terhadap NGS yang disertai metadata klinis pasien untuk terus mengamati perubahan dalam tingkat infeksi virus dan kemanjuran vaksin. Pelacakan genom yang efektif memungkinkan kita memahami tren penularan virus dan mengevaluasi tingkat ancaman VOC yang muncul saat ini. Kita telah melihat kolaborasi ilmiah tingkat dunia yang belum pernah terjadi sebelumnya yang bertujuan untuk menangkap rangkaian virus dari individu yang terinfeksi untuk membangun database yang dapat diakses oleh publik. Kolaborasi ini telah menyediakan data berharga bagi publik sehingga kita dapat memantau perubahan genom virus, melakukan studi epidemiologi, memandu kebijakan kesehatan masyarakat, dan memberikan masukan dalam perancangan vaksin3. Meskipun GISAID memiliki lebih dari 12 juta sekuens yang tersedia pada saat analisis ini dilakukan, tingkat sekuensing saat ini menurun secara signifikan3. Perincian jumlah NGS berdasarkan benua ditunjukkan dengan penurunan baru-baru ini di Amerika Utara dan Eropa (Gambar 2b). Penurunan ini berdampak negatif terhadap kemampuan komunitas ilmiah kami untuk menganalisis SARS-CoV-2 dan COVID-19 karena data garis keturunan Pango hanya dapat dihasilkan dari data NGS. Selain itu, pengurutan genom yang tersedia saat ini sering kali dilaporkan sebagai infeksi awal atau infeksi ulang, namun data NGS infeksi awal dan infeksi ulang biasanya tidak dilaporkan secara bersamaan untuk individu yang sama. Kumpulan data Denmark menggambarkan pentingnya pelaporan data NGS per individu, sebagai sarana untuk menganalisis risiko infeksi ulang. Ini adalah kohort unik dalam database GISAID karena terdapat 21.708 genom dari Denmark yang digunakan dalam penelitian ini. Kurang dari 2.{21}} genom infeksi ulang beranotasi tambahan tersedia di seluruh Dunia dengan tingkat detail infeksi ulang yang terbatas dan sering kali tidak ada hubungan dengan pasien. Besaran penelitian ini, serta ukuran relatif Denmark dan kepadatan penduduk, dapat membantu mengurangi bias dalam analisis. Karena infeksi ulang menjadi lebih umum tidak hanya pada infeksi kedua, tetapi juga pada infeksi ketiga dan keempat, data yang dilaporkan di seluruh dunia dapat memberikan lebih banyak wawasan mengenai infeksi ulang. Selain itu, infeksi kronis dapat dianalisis secara cermat dengan beberapa analisis NGS pada sampel dari waktu ke waktu untuk memahami bagaimana virus berevolusi pada inang tertentu.

Infeksi ulang dapat dipengaruhi oleh bias eksternal non-biologis seperti periode lockdown dan tindakan perlindungan seperti masker, vaksin, dan berbagai pembatasan. Penguncian nasional diberlakukan di Denmark pada tanggal 11 Maret 2020, dengan dua fase pembukaan kembali yang terjadi tak lama kemudian, yaitu pada tanggal 6 April dan 27 Mei. Penguncian nasional yang kedua diberlakukan pada tanggal 16 Desember 2020 dan pembukaan kembali dilakukan dalam dua tahap pada tanggal 16 Februari dan 1 Maret 2021. Semua pembatasan, seperti persyaratan penggunaan masker, batas jumlah orang yang berkumpul, dan pembatasan operasional bisnis telah dihapuskan pada bulan September 2021. Meskipun pembatasan ini diberlakukan kembali untuk membantu memitigasi penyebaran virus dari Desember 2021 hingga Februari 2022, 7.084 kasus infeksi ulang Omicron yang diamati selama periode ini menunjukkan peningkatan dari 1,5 menjadi 6%, tingkat infeksi ulang yang belum pernah terlihat sebelumnya (Gbr. 2a). Denmark menjadi negara pertama di dunia yang menghentikan program vaksinasi mereka, menghentikan vaksinasi primer pada tanggal 15 Mei 2022. Alasannya adalah bahwa 81% negara tersebut telah divaksinasi dan 62% telah menerima booster ketiga pada Februari 2022. Mengakhiri program vaksinasi berpotensi menyebabkan peningkatan angka infeksi primer dan infeksi ulang karena masih banyak orang yang tidak divaksinasi di Denmark 21-24. Kekhawatiran dalam pandemi COVID{25}} adalah bahwa infeksi terobosan akan terjadi pada individu yang divaksinasi dari varian dan sub-garis keturunannya karena berkurangnya titer antibodi penetral13,14. Kami tidak dapat menganalisis hal ini dalam penelitian kami karena tidak ada metadata yang menyertai jenis vaksin, jumlah dosis yang diterima, dan tanggal pemberian. Metadata vaksinasi dan informasi lainnya, seperti usia atau kondisi kesehatan yang sudah ada sebelumnya, dapat memungkinkan analisis infeksi ulang mengenai tingkat perlindungan atau risiko dengan lebih terperinci berdasarkan kasus per kasus. Penelitian telah menggunakan jenis metadata ini untuk analisis infeksi ulang Omicron, namun data NGS yang mendefinisikan garis keturunan Pango tidak ada sebagai pengganti rtPCR25,26. Analisis di Qatar dibatasi oleh rtPCR tetapi menyimpulkan bahwa BA.4 atau BA.5 hadir pada tingkat yang lebih rendah dibandingkan infeksi non-Omicron sebelumnya tetapi lebih kuat setelah infeksi Omicron. Individu masih dapat terinfeksi kembali terlepas dari varian infeksi pertamanya, namun menariknya hal ini tidak banyak berubah pada individu yang divaksinasi. Individu yang divaksinasi disarankan memiliki perlindungan yang sedikit lebih tinggi terhadap infeksi ulang. Temuan dari penelitian di Qatar diperoleh dari tes rtPCR positif yang dirancang untuk penghapusan protein Spike umum yang berkorelasi dengan tanggal varian dominan, BA.4 atau BA.5. Karena penghapusan ini terjadi pada beberapa sub-garis keturunan Omicron, BA.4, dan BA.5, mereka tidak dapat dipisahkan untuk dianalisis tanpa konfirmasi garis keturunan Pango oleh NGS20. Kami sangat yakin bahwa pengurutan sampel SARS CoV generasi berikutnya-2 harus dilanjutkan dengan penambahan metadata yang menjelaskan inangnya. Meskipun penurunan pengurutan data cukup mengkhawatirkan, integrasi data satu orang ke berbagai sumber merupakan perkembangan penting dalam menemukan wawasan baru seputar COVID-19. Misalnya, penting untuk menghubungkan pengurutan generasi berikutnya untuk identifikasi genom virus, rekam medis untuk memeriksa usia dan kondisi yang sudah ada sebelumnya, serta metadata untuk melacak waktu dan status infeksi ulang.

tanaman cistanche meningkatkan sistem kekebalan tubuh

Dalam kasus infeksi ulang, pengurutan informasi yang mencirikan waktu antara infeksi dan komposisi genom virus dari setiap infeksi sangat penting untuk memberikan rekomendasi kesehatan masyarakat yang akurat dan merancang obat-obatan yang efektif dan tahan lama. Studi kami menunjukkan bahwa infeksi ulang VOC Omicron terjadi pada frekuensi yang lebih tinggi dan dalam interval waktu yang lebih singkat dibandingkan yang diamati pada VOC lain pada awal pandemi. Hal ini mempunyai implikasi yang signifikan bagi pengambil kebijakan kesehatan masyarakat. Analisis yang disajikan di sini adalah contoh penelitian yang tidak akan mungkin terjadi tanpa kumpulan data yang kuat ini yang perlu melanjutkan NGS Worldwide dan lebih ditingkatkan lagi dengan penyatuan kumpulan data yang menyampaikan urutan genom virus, metadata, dan kesehatan medis setiap individu yang terinfeksi atau terinfeksi ulang. catatan.

Studi kami menunjukkan bahwa infeksi ulang VOC Omicron terjadi pada frekuensi yang lebih tinggi dan dalam interval waktu yang lebih singkat dibandingkan yang diamati pada VOC lain pada awal pandemi; namun, kemampuan kami untuk mengukur dan menghitung penyebaran virus telah berkurang secara eksponensial karena berkurangnya pendanaan/ kemampuan/ untuk terus mengurutkan sampel pasien.

Referensi

1. Viana, R. dkk. Ekspansi epidemi yang cepat dari varian SARS-CoV-2 Omicron di Afrika bagian selatan. Alam 603, 679–686 (2022).

2. Oliu-Barton, M. dkk. Eliminasi versus mitigasi SARS-CoV-2 dengan adanya vaksin yang efektif. Lancet Glob. Kesehatan 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. dkk. Peran GISAID dalam respons pandemi. CDC China Mingguan. 3, 1049–1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Munculnya varian SARS-CoV-2 dan dampaknya dalam program vaksinasi global terhadap SARS-CoV-2/COVID-19. Vaksin 9, 243 (2021).

5. Wu, H. dkk. Mutasi nukleokapsid R203K/G204R meningkatkan infektivitas, kebugaran, dan virulensi SARS-CoV-2. Mikroba Inang Sel 29, 1788–1801.e6 (2021).

6. Rahman, S.dkk. Infeksi ulang-19 COVID di antara individu yang terinfeksi dan divaksinasi secara alami. Sains. Rep.12, 1438 (2022).

7. Pulliam, JRC dkk. Peningkatan risiko infeksi ulang SARS-CoV-2 terkait dengan munculnya Omicron di Afrika Selatan. Sains 376, eabn4947 (2022).

8. Tegally, H. dkk. Munculnya SARS-CoV-2 Omicron garis keturunan BA.4 dan BA.5 di Afrika Selatan. Nat. medis. 28 Agustus 1785–1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: Inggris akan meluncurkan vaksin omikron BA.1 Moderna sebagai bagian dari program booster musim gugur. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC Merekomendasikan Penguat COVID-19 Pertama yang Diperbarui. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. Yu, J. dkk. Netralisasi varian SARS-CoV-2 Omicron BA.1 dan BA.2. N.Inggris. J.Med. 386, 1579–1580 (2022).

12. Tuekprakhon, A. dkk. Pelepasan antibodi SARS-CoV-2 Omicron BA.4 dan BA.5 dari vaksin dan serum BA.1. Sel 185, 2422–2433.e13 (2022).

13. Kurhade, C. dkk. Netralisasi Omicron BA.1, BA.2, dan BA.3 SARS CoV-2 dengan 3 dosis vaksin BNT162b2. Nat. Komunitas. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM Dinamika viral load SARS-CoV-2 varian Delta dan Omicron setelah beberapa dosis vaksin dan infeksi sebelumnya. Nat. Komunitas. 13, 6706 (2022).

15. Goldberg, Y. dkk. Perlindungan dan Menurunnya Imunitas Alami dan Hibrida terhadap SARS-CoV-2. N.Inggris. J.Med. 386, 2201–2212 (2022).

16. Rambaut, A. dkk. Proposal tata nama dinamis untuk garis keturunan SARS-CoV-2 untuk membantu epidemiologi genom. Nat. Mikrobiol. 5 Agustus 1403–1407 (2020).

17. O'Toole, Á., dkk. Penetapan garis keturunan epidemiologi dalam suatu pandemi yang sedang berkembang menggunakan Alat Trenggiling. Evolusi Virus. 7, vab064 (2021).

18. Weigang, S. dkk. Evolusi SARS-CoV-2 dalam inang pada pasien COVID yang mengalami imunosupresi-19 sebagai sumber varian yang lolos dari kekebalan. Nat. Komunitas. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman, M. Satu infeksi virus corona dapat menangkal infeksi lainnya—tetapi hanya jika variannya serupa. Alam https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. Altarawneh, HN dkk. Efek perlindungan dari infeksi SARS-CoV-2 sebelumnya terhadap subvarian Omicron BA.4 dan BA.5. N.Inggris. J.Med 387, 1620–1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. Gejala melukai diri sendiri, bunuh diri, dan gangguan makan pada orang dewasa muda setelah penguncian COVID-19 di Denmark. Nat. Bersenandung. Berperilaku. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. Peltier E. Denmark, Penuh dengan Kasus Virus, Menganut Sikap 'Membawanya'. The New York Times https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Elllyatt H. Denmark menjadi negara pertama yang menghentikan program vaksinasi COVID-19. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. Pembatasan Covid di Denmark dicabut meskipun kasusnya meningkat. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. Tingkat infeksi ulang SARS-CoV-2 selama Gelombang Omicron di Islandia. Jaringan JAMA. Buka 5, e2225320 (2022).

26. Carazo, S. dkk. Perkiraan perlindungan infeksi SARS-CoV-2 sebelumnya terhadap infeksi ulang varian Omicron di antara individu yang menerima dan tidak menerima vaksinasi RNA kurir di Quebec, Kanada. Jaringan JAMA. Buka 5, e2236670 (2022).

27. Infeksi ulang Falahi, S. & Kenarkoohi, A.-19 COVID: pelepasan yang berkepanjangan atau infeksi ulang yang sebenarnya? N. Mikroba N. Menginfeksi. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. dkk. Kode untuk: Peningkatan Kasus SARS-CoV-2 Infeksi Ulang Omicron Mengungkapkan Kekebalan Pasca-COVID yang Tidak Efektif-19 di Denmark dan Menyampaikan Perlunya Pengurutan Generasi Berikutnya yang Berkelanjutan. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).