Mekanisme Efek Estrogen-Like dari Cistanche Deserticola Glycosides: Wawasan dari Farmakologi Jaringan dan Transkriptomik

3. Hasil Eksperimen

3.1 Hasil Analisis Farmakologi Jaringan

3.1.1 Analisis Jaringan Efek seperti estrogen dari komponen aktif GCS

Sebanyak 40 senyawa dalam GC (Tabel 1) dianalisis menggunakanTcmsp, Symmap, Dll, Jahitan, DanQsardatabase. Setelah menghapus duplikat, 183 target dikumpulkan. DariGenecardDanOmimBasis data, "defisiensi estrogen" atau "kadar estrogen rendah" digunakan sebagai kata kunci untuk mengambil target terkait penyakit. Menggabungkan target dari kedua sumber dan menghilangkan duplikat menghasilkan 1.712 target penyakit.

MenggunakanSitoscape v3.9.1, jaringan "senyawa - target" (CT) divisualisasikan (Gambar 1). Jaringan termasuk 223 node: 40 node yang mewakili komponen aktif GCS dan 183 node yang mewakili target, dihubungkan oleh 253 tepi. Menggunakan platform Venn Diagram Online, persimpangan gen target spesifik 40 GCS dan gen target seperti estrogen menghasilkan 72 gen target "GCS-estrogen" yang tumpang tindih (Gambar 2).

 

Suplemen Cistanche untuk disfungsi seksual pria

Whatsapp kami untuk detail lebih lanjut

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Penyaringan target inti dan analisis jaringan PPI

Parameter topologi jaringan (derajat, sentralitas antara, dan sentralitas kedekatan) dianalisis. Nilai median parameter ini digunakan sebagai ambang batas. Target yang memenuhi ketiga kriteria ambang batas dipilih sebagai target inti untuk efek seperti estrogen dari GC. Sebanyak 24 target inti diidentifikasi. MenggunakanSitoscape v3.9.1, jaringan "senyawa - target inti - seperti estrogen" divisualisasikan (Gambar 3). Selain itu, jaringan PPI dari target inti dibangun (Gambar 4).

 

3.1.3 GO Fungsional dan analisis pengayaan jalur KEGG

Dari analisis fungsional GO, 35 entri signifikan diidentifikasi. Berdasarkan nilai-p yang dikoreksi, 20 jalur teratas dipilih (Gambar 6). Ini terutama melibatkan fungsi molekuler seperti pengikatan reseptor sitokin, pengikatan reseptor estrogen, pengikatan reseptor faktor pertumbuhan, dan aktivitas reseptor nuklir.

Analisis pengayaan jalur KEGG mengidentifikasi 83 jalur pensinyalan yang signifikan. 20 jalur teratas, yang diperingkat oleh nilai-p yang dikoreksi, divisualisasikan (Gambar 7). Jalur utama terkait estrogen termasuk:

Jalur pensinyalan faktor nekrosis tumor (TNF)

Interleukin -17 (il -17) jalur pensinyalan

Hypoxia-Inducible Factor -1 (hif -1) jalur pensinyalan

Jalur pensinyalan estrogen

Jalur ini memainkan peran penting dalam efek seperti estrogen dari GCS.

3.2 Integrasi dengan Data Transkriptomi

3.2.1 Analisis korelasi antara target yang diprediksi dan data transkriptomi

MenggunakanHGNCDatabase, 24 gen target inti yang diprediksi oleh farmakologi jaringan dikonversi menjadi gen tikus homolog, menghasilkan 31 gen. Setelah menghapus duplikat, 29 gen tetap ada. Dengan membandingkan dengan data transkriptomik, semua 29 target inti (kecualiMcl1DanGCG) menunjukkan perubahan ekspresi gen. Hasilnya ditunjukkan pada Tabel 2.

3.2.2 Analisis Korelasi Antara Jalur Kegg dari Farmakologi Jaringan dan Transkriptomik

Setelah mengubah gen target inti menjadi gen tikus homolog, analisis pengayaan jalur KEGG dilakukan. Total 1 0 8 jalur (dengan padjust <0. 05) diidentifikasi untuk gen target inti. Analisis pengayaan KEGG dari data sekuensing transkriptomik mengidentifikasi 107 jalur (dengan Padjust <0,05). Hasil analisis korelasi antara farmakologi jaringan dan transkriptomik ditunjukkan pada Gambar 8.

Ada 68 jalur yang tumpang tindih, termasuk:

Jalur pensinyalan estrogen

jalur pensinyalan kamp

Jalur pensinyalan TNF

Jalur yang tumpang tindih menyumbang lebih dari 60% dari total jalur.