Penilaian Awal Keparahan Klinis Varian Omikron SARS-CoV-2 di Afrika Selatan: Studi Tautan Data

{0}}/ WhatsApp: 008618081934791

Ringkasan

Latar belakang

Varian omicron SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian diidentifikasi di Afrika Selatan pada November 2021 dan dikaitkan dengan peningkatanCOVID{}kasus. Kami bertujuan untuk menilai keparahan klinis infeksi dengan varian omicron menggunakan kegagalan target gen S (SGTF) pada uji PCR Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 sebagai proxy.

Metode

Kami melakukan hubungan data untuk nasional, Afrika SelatanCOVID{}data kasus, data uji laboratorium-2 SARS-CoV, data genom SARS-CoV-2, danCOVID{}data penerimaan rumah sakit. Untuk individu yang didiagnosis denganCOVID{}melalui tes PCR TaqPath, infeksi ditetapkan sebagai SGTF atau non-SGTF. Varian delta diidentifikasi oleh sekuensing genom. Dengan menggunakan model regresi logistik multivariabel, kami menilai tingkat keparahan penyakit dan rawat inap dengan membandingkan individu dengan infeksi SGTF versus non-SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, dan kami selanjutnya menilai tingkat keparahan penyakit dengan membandingkan individu yang terinfeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan November 30, 2021, dengan individu yang terinfeksi varian delta didiagnosis antara 1 April dan 9 November 2021.

Temuan

Dari 1 Okt (minggu 39), 2021, hingga 6 Des (minggu 49), 2021, 161 328 kasusCOVID{}dilaporkan di Afrika Selatan. {{0}} orang didiagnosis melalui tes PCR TaqPath dan 29 721 infeksi SGTF dan 1412 infeksi non-SGTF diidentifikasi. Proporsi infeksi SGTF meningkat dari dua (3,2 persen) dari 63 pada minggu ke 39 menjadi 21 978 (97,9 persen) dari 22 455 pada minggu ke 48. Setelah mengendalikan faktor yang terkait dengan rawat inap, individu dengan infeksi SGTF memiliki peluang masuk yang jauh lebih rendah daripada mereka yang terinfeksi non-SGTF (256 [2,4 persen] dari 10 547 vs 121 [12,8 persen] dari 948; rasio odds yang disesuaikan [aOR] {{ 25}}·2, 95 persen CI 0·1–0·3). Setelah mengontrol faktor yang terkait dengan keparahan penyakit, kemungkinan penyakit parah serupa antara individu yang dirawat di rumah sakit dengan infeksi SGTF versus non-SGTF (42 [21 persen] dari 204 vs 45 [40 persen ] dari 113; aOR 0·7, 95 persen CI 0·3–1·4). Dibandingkan dengan individu dengan infeksi varian delta sebelumnya, individu yang terinfeksi SGTF memiliki kemungkinan penyakit parah yang lebih rendah secara signifikan (496 [62,5 persen] dari 793 vs 57 [23,4 persen] dari 244; aOR 0,3, 95 persen CI 0·2–0·5), setelah mengontrol faktor-faktor yang terkait dengan tingkat keparahan penyakit.

Penafsiran

Analisis awal kami menunjukkan penurunan signifikan kemungkinan rawat inap di antara individu dengan infeksi SGTF versus non-SGTF yang didiagnosis selama periode waktu yang sama. Individu yang terinfeksi SGTF memiliki kemungkinan penyakit parah yang berkurang secara signifikan dibandingkan dengan individu yang terinfeksi sebelumnya dengan varian delta. Beberapa dari penurunan keparahan ini mungkin merupakan hasil dari kekebalan sebelumnya.

Pendanaan

Dewan Penelitian Medis Afrika Selatan, Departemen Kesehatan Nasional Afrika Selatan, Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS, Masyarakat Laboratorium Kedokteran Afrika, Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Afrika, Yayasan Bill & Melinda Gates, Wellcome Trust, dan Dana Fleming.

cistanche pharma khusus untuk kekebalan

pengantar

Sejak kasus pertama SARS-CoV-2 pada Maret 2020, Afrika Selatan telah mengalami tiga gelombang epidemi, dengan varian kekhawatiran beta (B.1.351) dan delta (B.1.617.2) mendominasi gelombang kedua dan ketiga. gelombang, masing-masing. Pada 24 November 2021, Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA) melaporkan varian baru SARS-CoV-2, yang telah terdeteksi dari spesimen yang dikumpulkan pada 14 November 2021, di Afrika Selatan1 dan awalnya ditugaskan ke garis keturunan B.1.1.529, ke WHO.2 Pada 26 November 2021, atas rekomendasi Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution, WHO menetapkan B.1.1.529 sebagai omicron ,3 varian kelima yang menjadi perhatian. Bersamaan dengan itu, terjadi peningkatan pesat dalamCOVID{}kasus di provinsi Gauteng,2 Afrika Selatan, dari minggu yang dimulai 15 November 2021, dengan laboratorium pengujian SARS-CoV-2 melaporkan peningkatan jumlah sampel dengan kegagalan target gen S (SGTF) saat diuji di TaqPathCOVID{}Tes PCR (Thermo Fisher Scientific; Waltham, MA, USA). Selanjutnya, peningkatan kasus COVID-19 dan sampel dengan SGTF diamati di provinsi lain di Afrika Selatan, memicu gelombang keempat infeksi SARS-CoV-2. Pada 16 Desember 2021, omicron telah terdeteksi di 87 negara, dengan banyak negara melaporkan penularan komunitas.

Varian omicron yang menjadi perhatian memiliki jumlah mutasi yang tinggi, beberapa di antaranya mengkhawatirkan karena penghindaran kekebalan yang diprediksi dan peningkatan infektivitas. Meskipun varian omicron berbagi beberapa mutasi umum dengan C.1.2 (garis keturunan yang sangat bermutasi yang sebelumnya diidentifikasi di Afrika Selatan),4 beta, dan varian delta, varian ini juga memiliki 22 substitusi tambahan (termasuk penyisipan dan penghapusan) yang tidak terlihat di varian lain. varian perhatian atau varian kepentingan sampai saat ini. Di antara substitusi ini, 69_Val70del-nya dalam protein lonjakan, yang sebelumnya diamati pada varian alfa (B.1.1.7), diketahui menyebabkan SGTF pada TaqPathCOVID{}tes PCR.

Data tentang keparahan klinis varian omicron dibandingkan dengan varian SARS-CoV-2 sebelumnya diperlukan untuk memandu perencanaan dan respons kesehatan masyarakat. DATCOV-Gen5 adalah jaringan surveilans prospektif yang menghubungkan data genom SARS-CoV-2 real-time dengan data epidemiologis dan klinis terperinci pada kasus rawat inap untuk memungkinkan penilaian cepat keparahan dan presentasi klinis dari SARS-CoV yang muncul{{8 }} varian yang menjadi perhatian. Kami bertujuan untuk menilai tingkat keparahan infeksi SARS-CoV-2 dengan varian omicron di Afrika Selatan menggunakan SGTF sebagai proksi untuk varian omicron.6

manfaat cistanche salsadalam kekebalan

Metode

Sumber dan tautan data

Dalam studi keterkaitan data ini, kami menautkan data tingkat individu nasional, Afrika Selatan dari empat sumber: (1) data kasus COVID-19 nasional untuk periode 1 Januari–6 Desember 2021, dilaporkan secara real time ke Institut Nasional untuk Penyakit Menular (NICD) Sistem Pengawasan Kondisi Medis yang Dapat Diberitahukan (NMCSS); (2) Data uji laboratorium SARS-CoV-2 (uji yang digunakan dan nilai ambang siklus PCR) untuk periode 1 Oktober–6 Desember 2021, untuk laboratorium sektor publik (Layanan Laboratorium Kesehatan Nasional melaporkan semua data uji) dan satu laboratorium swasta besar (hanya tes PCR TaqPath yang dilaporkan); (3) Data genom SARS-CoV-2 untuk periode 31 Maret 2020–6 Desember 2021, untuk spesimen klinis yang dikirim ke NICD dari laboratorium diagnostik swasta dan publik (terutama dari Gauteng, North West, Mpumalanga, dan provinsi Northern Cape) dan dikumpulkan melalui program surveilans pneumonia7 di lima provinsi (Western Cape, KwaZulu-Natal, North West, Gauteng, dan Mpumalanga); dan (4) DATCOV (antara 31 Maret 2020, dan 21 Desember 2021), yang merupakan sistem pengawasan aktif untuk penerimaan rumah sakit COVID-19, dengan cakupan komprehensif dari semua rumah sakit di Afrika Selatan.8

Data kasus dan rawat inap yang kami gunakan berasal dari kumpulan data nasional, komprehensif, berbasis populasi yang disebutkan di atas termasuk seluruh Afrika Selatan. Basis data kasus COVID-19 nasional (NICD NMCSS) adalah program pengawasan berbasis laboratorium yang menerima data elektronik real-time pada semua kasus SARS-CoV-2 yang dikonfirmasi laboratorium di Afrika Selatan. Pelaporan kasus diamanatkan oleh undang-undang dan diaudit. Setiap kasus diselidiki oleh pejabat kesehatan masyarakat dan kesalahan data yang teridentifikasi diperbaiki pada database. Data uji laboratorium SARS-CoV-2 yang digunakan dalam analisis ini adalah data nasional. Laboratorium yang disertakan (semua laboratorium sektor publik dan satu laboratorium sektor swasta) dipilih karena laboratorium ini mampu menyediakan data tentang metode uji PCR dan nilai ambang siklus, dan mewakili lebih dari setengah dari semua SARS-CoV-2 tes yang dilakukan di Afrika Selatan antara 1 Oktober dan 6 Desember 2021. Program surveilans DATCOV telah dijelaskan secara rinci sebelumnya.8 Dengan menggunakan DATCOV, kami telah memasukkan data semua pasien rawat inap dengan SARS-CoV yang dikonfirmasi laboratorium-2 di seluruh Afrika Selatan. Di rumah sakit sektor publik, data diabstraksi dari catatan pasien dan langsung ditangkap oleh penangkap data khusus, dan, di rumah sakit swasta dan sektor publik provinsi Western Cape, data ditransfer secara elektronik dalam ekstrak harian dari sistem data rumah sakit. DATCOV mencakup pasien yang dirawat di rumah sakit karena gejala COVID-19, pasien dengan infeksi nosokomial SARS-CoV-2 yang didapat, dan mereka yang dites positif secara kebetulan saat dirawat di rumah sakit karena alasan lain. Data kasus dan pengujian diperoleh pada 6 Desember 2021, dan data DATCOV diperoleh pada 21 Desember 2021. Untuk analisis rawat inap dan tingkat keparahan, kasus disensor dengan spesimen yang dikumpulkan sebelum 1 Desember 2021.

Kami melakukan penautan data tingkat individu menggunakan pengidentifikasi unik saat ada; jika tidak, kami menggunakan kombinasi nama, nama keluarga (nama keluarga), dan tanggal lahir. Setelah hubungan data, kombinasi pemeriksaan otomatis dan manual digunakan untuk memastikan akurasi. Persetujuan etis diperoleh dari Human Research Ethics Committee (Medical) dari University of the Witwatersrand untuk pengumpulan data kasus dan pengujian COVID-19 sebagai bagian dari pengawasan penyakit menular esensial (M210752), dan untuk program pengawasan DATCOV (M2010108).

definisi

Infeksi diklasifikasikan sebagai SGTF (sebagai proksi untuk varian omicron) ketika seseorang dites positif pada tes PCR TaqPath COVID-19 dengan target gen S yang tidak terdeteksi dan ambang siklus 30 atau kurang untuk ORF1ab atau target gen nukleokapsid.9 Kami membatasi ambang siklus 30 atau kurang untuk menghindari salah mengklasifikasikan infeksi yang gen S tidak terdeteksi (karena viral load rendah) sebagai SGTF (yaitu, nilai ambang siklus tinggi). Infeksi diklasifikasikan sebagai non SGTF ketika seseorang dites positif pada tes PCR TaqPath COVID-19 dengan ambang siklus 30 atau kurang untuk target gen ORF1ab atau nukleokapsid dan memiliki target gen S yang dapat dideteksi. Varian delta diidentifikasi oleh sekuensing genom.

Seseorang diklasifikasikan telah dirawat di rumah sakit jika mereka terkait dengan kasus di database DATCOV dengan tanggal masuk dari 7 hari sebelum sampai 21 hari setelah tanggal pengambilan spesimen. Kami memasukkan penerimaan dengan tanggal tes sebelum masuk karena dokter mungkin tidak mencurigai infeksi SARS-CoV-2 pada saat masuk, tes awal mungkin negatif, atau infeksi mungkin didapat secara nosokomial. Penyakit parah didefinisikan sebagai pasien rawat inap yang memenuhi setidaknya satu dari kriteria berikut: dirawat di unit perawatan intensif (ICU); menerima perawatan oksigen tingkat apa pun; berventilasi; menerima oksigenasi membran ekstrakorporeal; memiliki sindrom gangguan pernapasan akut, atau telah meninggal. Komorbiditas didefinisikan sebagai adanya setidaknya satu dari kondisi berikut: hipertensi, diabetes, penyakit jantung kronis, penyakit ginjal kronis, asma, penyakit paru obstruktif kronik, keganasan, HIV, dan tuberkulosis aktif atau sebelumnya. Data tentang obesitas dan kehamilan tidak dimasukkan karena data ini tidak dikumpulkan secara sistematis. Infeksi ulang didefinisikan oleh seseorang yang memiliki setidaknya satu tes COVID-19 positif (baik berbasis PCR atau berbasis antigen) lebih dari 90 hari sebelum tes COVID-19 positif saat ini. Vaksinasi didefinisikan sebagai memiliki setidaknya satu dosis vaksin SARS-CoV-2 (Ad.26.COV2.S [Johnson & Johnson] atau BNT162b2 [Pfizer-BioNTech]).

Analisis statistik

Nilai ambang siklus rata-rata (proksi untuk viral load) untuk semua tes PCR positif COVID-19 sektor publik (tes PCR apa pun) selama gelombang awal omicron (minggu 46–48; 14 Nov–4 Des 2021) dibandingkan dengan gelombang awal delta (minggu 18-20; 2-22 Mei 2021) menggunakan uji-t Student. Periode gelombang awal didefinisikan dari minggu sebelum negara melewati insiden mingguan 30 kasus per 100.000 orang hingga 2 minggu kemudian.10 Ketika tes PCR mencakup satu atau lebih target gen, target dengan nilai ambang siklus terendah digunakan untuk analisis.

Kami menggambarkan karakteristik epidemiologi infeksi SGTF dengan membandingkan individu yang terinfeksi SGTF dengan individu yang tidak terinfeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, individu yang terinfeksi SGTF yang dirawat di rumah sakit dengan individu yang tidak terinfeksi SGTF yang dirawat di rumah sakit yang didiagnosis antara 1 Oktober dan November 30 November 2021, dan individu yang terinfeksi SGTF yang dirawat di rumah sakit didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, dengan individu yang terinfeksi varian delta yang dirawat di rumah sakit didiagnosis antara 1 April dan 9 November 2021, menggunakan analisis regresi logistik multivariabel.

Tingkat keparahan infeksi dengan varian omicron SARS-CoV-2 dinilai dengan dua cara: (1) dengan membandingkan individu dengan infeksi SGTF versus non-SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, dan (2) oleh membandingkan individu dengan infeksi varian delta yang didiagnosis antara 1 April dan 9 November 2021, dengan individu yang terinfeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021. Data rawat inap dan tingkat keparahan diperoleh untuk kasus pada 21 Desember 2021, untuk memungkinkan setidaknya 3 minggu tindak lanjut untuk masuk ke rumah sakit dan hasil di rumah sakit. Di antara orang-orang dengan COVID-19 dalam database DATCOV yang dirawat di rumah sakit antara 5 Maret 2020, dan 18 Desember 2021, waktu rata-rata dari masuk ke hasil di rumah sakit adalah 6 hari (IQR 3–11 hari; n{{ 29}}) secara keseluruhan, 5 hari (2–11; n=94938) untuk individu yang meninggal, dan 6 hari (3–10; n=304845) untuk individu yang dipulangkan hidup-hidup. Oleh karena itu, kami tidak akan melewatkan banyak hasil dengan tindak lanjut minimal 3 minggu. Analisis keparahan dibatasi untuk penerimaan yang telah mengumpulkan hasil dan semua pasien yang masih di rumah sakit dikeluarkan karena, dalam program DATCOV, informasi rinci tentang rawat inap di rumah sakit sektor publik (misalnya, perawatan oksigen atau masuk ICU) diisi pada saat keluar. atau kematian.

Dua model dihasilkan untuk menilai rawat inap dan penyakit parah di antara individu yang dirawat di rumah sakit sebagai variabel hasil. Regresi logistik multivariabel dilakukan untuk mengevaluasi hubungan infeksi SGTF versus infeksi non-SGTF dengan rawat inap di antara orang-orang dengan COVID-19 yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021. Kami mengontrol faktor-faktor yang diketahui terkait dengan rawat inap (yaitu , usia, jenis kelamin, provinsi, dan sektor layanan kesehatan [swasta vs publik]) dan disesuaikan dengan infeksi SARS-CoV-2 yang diketahui sebelumnya. Data tentang status vaksinasi dan penyakit penyerta hanya tersedia untuk individu yang dirawat di rumah sakit; oleh karena itu, kami tidak dapat mengontrol variabel-variabel ini dalam analisis ini. Regresi logistik multivariabel dilakukan untuk mengevaluasi hubungan infeksi SGTF versus infeksi non-SGTF dengan tingkat keparahan penyakit di antara individu yang dirawat di rumah sakit yang didiagnosis dengan COVID-19 antara 1 Oktober dan 30 November 2021, terbatas pada individu dengan hasil di rumah sakit yang diketahui pada 21 Des 2021 (tidak termasuk yang masih dirawat di rumah sakit). Kami mengontrol faktor-faktor yang diketahui terkait dengan tingkat keparahan penyakit (yaitu, usia, adanya penyakit penyerta, jenis kelamin, provinsi, dan sektor kesehatan) dan disesuaikan dengan jumlah hari antara tanggal pengumpulan spesimen dan tanggal masuk rumah sakit, diketahui infeksi SARS-CoV-2 sebelumnya, dan status vaksinasi SARS-CoV-2.

Kami membandingkan infeksi varian delta yang didiagnosis antara 1 April dan 9 November 2021, dengan infeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021. Regresi logistik multivariabel dilakukan untuk mengevaluasi hubungan infeksi SGTF versus infeksi varian delta dengan tingkat keparahan penyakit di antara individu yang dirawat di rumah sakit , terbatas pada individu dengan hasil rawat inap yang diketahui pada 21 Desember 2021 (tidak termasuk mereka yang masih dirawat di rumah sakit). Kami mengontrol faktor-faktor yang terkait dengan tingkat keparahan penyakit (yaitu, usia, adanya penyakit penyerta, jenis kelamin, provinsi, dan sektor kesehatan) dan menyesuaikan jumlah hari antara pengumpulan spesimen dan masuk rumah sakit, yang diketahui sebelumnya dengan SARS-CoV-2 infeksi, dan status vaksinasi SARS-CoV-2. Kami tidak membandingkan risiko masuk rumah sakit antara individu dengan infeksi varian delta dan mereka dengan infeksi SGTF karena sampel yang diurutkan untuk varian delta tidak berbasis populasi dan hanya mewakili sebagian kecil dari infeksi varian delta yang dikirim ke NICD untuk diurutkan. .

Variabel kategori diringkas dengan menggunakan distribusi frekuensi dan dibandingkan dengan menggunakan uji ² Pearson. Interaksi berpasangan dinilai dengan memasukkan istilah produk untuk semua variabel yang tersisa dalam model aditif multivariabel akhir. Analisis dilakukan dengan menggunakan Stata, versi 14.1. nilai p kurang dari 0·05 dianggap signifikan secara statistik.

Peran sumber pendanaan

Para penyandang dana penelitian tidak memiliki peran dalam desain penelitian, pengumpulan data, analisis data, interpretasi data, atau penulisan laporan.

Hasil

Dari 1 Okt (minggu 39), 2021, hingga 6 Des (minggu 49), 2021, 161328 kasus COVID-19 dilaporkan secara nasional, di mana 104529 (64·8 persen ) berasal dari laboratorium yang termasuk dalam analisis kami ( lampiran hlm 6–7). Dari 104 529 ini, 38282 (36,6 persen ) didiagnosis melalui tes PCR TaqPath COVID-19. Di antara kasus yang didiagnosis dengan tes PCR TaqPath, 31 133 (81·3 persen ) memiliki nilai ambang siklus 30 atau kurang untuk setidaknya satu target gen, di mana 29721 (95·5 persen ) adalah infeksi SGTF dan 1412 (4,5 persen) adalah infeksi non-SGTF. Semua sampel SGTF dengan data genom, pada 14 Desember 2021, dikonfirmasi sebagai omicron (n=30). Proporsi infeksi SGTF meningkat dari dua (3,2 persen) dari 63 pada minggu ke 39 menjadi 21978 (97,9 persen) dari 22455 pada minggu ke 48 tahun 2021 (gambar 1). Proporsi infeksi SGTF mulai meningkat pertama kali di provinsi Gauteng pada minggu ke-43 (minggu mulai 24 Oktober 2021; lampiran hal 8). Peningkatan tajam dalam proporsi infeksi SGTF kemudian terdeteksi di semua provinsi lain, dan, pada minggu ke 47, sebagian besar infeksi SARS-CoV-2 di semua provinsi adalah infeksi SGTF (Lampiran hal 8). Nilai ambang siklus rata-rata untuk semua tes PCR positif di sektor publik lebih rendah selama gelombang awal omicron (23,95 [SD 6,06]; n=16542) dibandingkan selama gelombang awal infeksi varian delta ( 26·98 [6·52]; n=10022; p<>

Kami membandingkan karakteristik semua individu dengan infeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, dengan individu yang didiagnosis dengan infeksi non-SGTF selama periode yang sama. Dalam analisis multivariabel, selain proporsi infeksi SGTF versus non-SGTF yang bervariasi secara signifikan menurut provinsi geografis, individu dengan infeksi SGTF lebih cenderung berusia 5-59 tahun (vs Lebih dari atau sama dengan 60 tahun) dan didiagnosis oleh sektor swasta (vs sektor publik) dan lebih kecil kemungkinannya untuk dirawat di rumah sakit dibandingkan individu dengan infeksi non-SGTF (tabel 1). Hasil serupa ditemukan ketika membandingkan karakteristik antara individu yang terinfeksi SGTF yang dirawat di rumah sakit dan individu yang tidak terinfeksi SGTF yang dirawat di rumah sakit yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021 (lampiran hlm 1-3) dan ketika membandingkan individu yang terinfeksi SGTF yang dirawat di rumah sakit yang didiagnosis antara 1 Oktober dan November 30 Januari 2021, dengan individu yang terinfeksi varian delta yang dirawat di rumah sakit didiagnosis antara 1 April dan 9 November 2021 (Lampiran hlm 3–5).

Dari 10 547 individu dengan infeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, 256 (2,4 persen ) dirawat di rumah sakit, dibandingkan dengan 121 (12,8 persen ) dari 948 individu dengan non-SGTF infeksi (p<0·001; table="" 2).="" in="" multivariable="" analyses,="" after="" controlling="" for="" factors="" associated="" with="" hospitalization,="" individuals="" with="" sgtf="" infections="" had="" significantly="" lower="" odds="" of="" being="" admitted="" to="" hospital="" than="" did="" individuals="" with="" non-sgtf="" infections="" (adjusted="" odds="" ratio="" [aor]="" 0·2,="" 95%="" ci="" 0·1–0·3;="" table="" 2).="" in="" addition="" to="" variation="" by="" geographical="" province,="" hospital="" admission="" was="" significantly="" associated="" with="" young="" age=""><5 years;="" aor="" 9·3)="" and="" older="" age="" (≥60="" years;="" aor="" 3·1)="" compared="" with="" individuals="" aged="" 19–24="" years,="" and="" female="" sex="" (aor="" 1·3)="" versus="" male="" sex="" (table="" 2).="" individuals="" diagnosed="" by="" the="" private="" versus="" the="" public="" healthcare="" sector="" were="" less="" likely="" to="" be="" admitted="" to="" hospitals="" (aor="" 0·8;="" table="">

Di antara 382 orang yang dirawat di rumah sakit yang didiagnosis dengan COVID-19 antara 1 Oktober dan 3 November0, 2021, 317 (83 persen ) telah mengumpulkan hasil di rumah sakit pada 21 Desember 2021 Setelah mengontrol faktor-faktor yang terkait dengan penyakit parah, perkiraan titik untuk kemungkinan penyakit parah pada individu dengan infeksi SGTF versus non-SGTF adalah kurang dari 1, tetapi 95 persen CI lebar (aOR 0,7, 95 persen CI 0 ·3–1·4; tabel 3). Kemungkinan penyakit parah bervariasi secara geografis dan secara signifikan lebih tinggi di antara individu berusia 60 tahun atau lebih (aOR 11,5) dibandingkan individu berusia 19-24 tahun (tabel 3).

Dari 31 Maret 2020 hingga 6 Desember 2021, ada 1.734 pasien rawat inap dengan COVID-19 yang tersedia informasi variannya, baik berdasarkan pengurutan genom (non-varian, alfa, beta, atau delta) atau TaqPath PCR (SGTF sebagai proxy untuk varian omicron antara 1 Oktober dan 6 Desember 2021). Dari 1734 tersebut, 792 (45,7 persen) terinfeksi varian delta dari 1 April 2021, (minggu 13) hingga 9 November 2021, (minggu 45), dan 212 (12,2 persen) memiliki infeksi SGTF dari 1 Okt 2021 (minggu 39) hingga 6 Des 2021 (minggu 49; gambar 2).

Di antara 1142 individu yang dirawat di rumah sakit, 1037 (90·8 persen ) telah mengumpulkan hasil di rumah sakit pada 21 Desember, 2021. Setelah mengendalikan faktor-faktor yang terkait dengan penyakit parah, individu dengan infeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, memiliki kemungkinan penyakit parah yang jauh lebih rendah daripada mereka yang didiagnosis dengan infeksi varian delta antara 1 April dan 9 November 2021, (aOR 0·3, 95 persen CI 0·2–0·5;tabel 4). Selain variasi menurut provinsi geografis, usia yang lebih tua (40-59 tahun dan Lebih dari atau sama dengan 60 tahun vs 19-24 tahun) dan memiliki kondisi komorbiditas dikaitkan dengan peningkatan kemungkinan penyakit parah (tabel 4). Individu berusia 13-18 tahun (vs 19-24 tahun) dan wanita (vs pria) memiliki kemungkinan penyakit parah yang lebih rendah (tabel 4).

Diskusi

Pada November 2021, varian SARS-CoV-2 omicron muncul di Afrika Selatan, bersamaan dengan peningkatan pesat jumlah kasus COVID-19 yang dilaporkan,2 yang mengarah ke gelombang epidemi keempat. Meskipun banyak penelitian sedang dilakukan untuk menilai perilaku fenotipik dan pelarian kekebalan dengan cepat, penting juga untuk memahami keparahan klinis infeksi dengan varian omicron. Kami mengevaluasi keparahan infeksi SGTF (proksi untuk varian omicron) dengan membandingkannya dengan infeksi non-SGTF yang didiagnosis selama periode yang sama dan infeksi dengan varian delta, yang mendominasi gelombang ketiga di Afrika Selatan. Individu dengan infeksi SGTF versus non-SGTF memiliki kemungkinan 80 persen lebih rendah untuk dirawat di rumah sakit, tetapi kami tidak dapat membuat kesimpulan tegas tentang risiko penyakit parah di antara orang-orang yang dirawat di rumah sakit, mungkin karena rendahnya jumlah individu yang dimasukkan. dalam analisis ini. Jika dibandingkan dengan infeksi varian delta, infeksi SGTF dikaitkan dengan kemungkinan penyakit parah 70 persen lebih rendah. Selain itu, kami menemukan bahwa ambang batas siklus PCR rata-rata lebih rendah selama gelombang awal omicron daripada selama gelombang awal delta, yang mungkin mencerminkan viral load yang lebih tinggi pada individu yang terinfeksi varian omicron versus varian delta.

Data dari program pengawasan DATCOV telah menunjukkan proporsi penerimaan yang lebih tinggi di antara orang-orang yang lebih muda dari 20 tahun selama gelombang keempat awal dibandingkan dengan gelombang ketiga.11 Dalam penelitian kami, kami juga menemukan bahwa individu yang terinfeksi SGTF lebih muda daripada mereka yang tidak terinfeksi SGTF. Infeksi SGTF atau delta; efek ini tidak terbatas pada anak-anak karena ada juga lebih banyak infeksi SGTF (vs non-SGTF atau delta) pada kelompok usia dewasa muda (misalnya, 19-24 tahun) dibandingkan pada kelompok usia dewasa yang lebih tua (Lebih dari atau sama dengan 60 tahun). ). Temuan ini dapat dikaitkan dengan peningkatan kekebalan pada orang dewasa yang lebih tua sebagai akibat dari tingkat infeksi atau vaksinasi sebelumnya yang lebih tinggi

Temuan kami berkorelasi dengan data rawat inap yang menunjukkan bahwa di antara 1061 pasien di Afrika Selatan dengan COVID-19 dan hasil rumah sakit yang diketahui, 324 (30,5 persen ) memiliki penyakit parah selama gelombang keempat awal, dibandingkan dengan 943 (67,0 persen) dari 1408 pasien selama gelombang ketiga awal.11 Pada November 2021, sebagian besar penduduk Afrika Selatan memiliki beberapa tingkat kekebalan SARS-CoV-2 sebagai akibat dari penyakit alami sebelumnya. infeksi, vaksinasi, atau keduanya. Setelah gelombang ketiga SARS-CoV-2, 60–70 persen individu di Afrika Selatan memiliki bukti infeksi SARS-CoV-2 sebelumnya.14 Pada 9 Desember 2021, 58 persen individu Afrika Selatan berusia 60 tahun atau lebih, 55 persen berusia 50–59 tahun, 43 persen berusia 35–49 tahun, dan 24 persen berusia 18–34 tahun telah divaksinasi lengkap terhadap SARS-CoV-2 (satu dosis Ad.26.COV2 .S [Johnson & Johnson] atau dua dosis BNT162b2 [Pfizer–BioNTech]).13 Telah disarankan bahwa varian omicron telah secara substansial meningkatkan kemampuan lolos kekebalan dibandingkan dengan varian lain.15 Temuan ini, bersama dengan tingkat pra -kekebalan yang ada di Afrika Selatan pada saat munculnya varian omicron, berarti bahwa proporsi infeksi omicron yang tinggi kemungkinan merupakan infeksi ulang dan proporsi ini mungkin lebih besar untuk omicron daripada infeksi kontemporer dengan varian lain. Di Afrika Selatan, selama gelombang pertama dan kedua COVID-19, kurang dari satu dari sepuluh kasus SARS-CoV-2 didiagnosis.16 Kami memperhitungkan individu dengan infeksi yang didiagnosis dan dilaporkan sebelumnya dalam analisis kami , tetapi, dalam banyak kasus, kemungkinan infeksi sebelumnya tidak terdiagnosis. Jika infeksi ulang kurang parah daripada infeksi primer, maka fakta ini dapat, sebagian, menjelaskan penurunan keparahan penyakit yang diamati pada individu yang terinfeksi oleh varian omicron.17 Mungkin juga varian omicron telah mengurangi virulensi intrinsik dibandingkan dengan varian lainnya. 18,19 Dengan data yang tersedia, tidak mungkin untuk menguraikan kontribusi relatif dari tingkat kekebalan populasi yang tinggi versus virulensi intrinsik yang lebih rendah terhadap keparahan penyakit yang diamati lebih rendah dari varian omicron versus delta. Data vaksinasi yang tidak lengkap, dan fakta bahwa banyak infeksi sebelumnya mungkin tidak terdeteksi, mengakibatkan penyesuaian yang tidak lengkap untuk efek kekebalan sebelumnya dalam analisis kami.

cistanche propieadesuntukkekebalan

Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan. Pertama, infeksi SGTF hanya dapat diidentifikasi ketika tes PCR TaqPath COVID-19 digunakan untuk spesimen dengan viral load tinggi (ambang siklus Kurang dari atau sama dengan 30); oleh karena itu, jumlah infeksi SGTF diremehkan dan bias terhadap wilayah geografis di mana uji TaqPath lebih umum digunakan. Kedua, SGTF digunakan sebagai proxy untuk deteksi varian omicron. SGTF mungkin juga mengidentifikasi varian alfa dan terjadi secara sporadis pada varian lain, sehingga beberapa infeksi mungkin salah diklasifikasikan sebagai omicron.

Namun, kami hanya menggunakan SGTF sebagai proxy untuk omicron setelah 1 Oktober 2021, dan data genom yang dihasilkan oleh NGS-SA belum mengidentifikasi varian alfa di Afrika Selatan sejak Agustus 2021, dan, pada puncaknya, varian alfa hanya terdeteksi pada 58 (6 persen ) dari 965 sampel pada Mei 2021.20 Omikron telah diklasifikasikan ke dalam tiga subgaris keturunan, satu (BA.2) di antaranya tidak mengandung Val70del-Nya69_ dan oleh karena itu tidak dapat diidentifikasi oleh SGTF. Data genom dari November 2021, di Afrika Selatan, menunjukkan bahwa, dari 881 urutan omicron, 872 (99 persen) adalah BA.1, satu (<1%) was="" ba.2,="" and="" eight="" (1%)="" were="" ba.3.20="" although="" genome="" data="" for="" non-sgtf="" infections="" were="" not="" available,="" of="" samples="" sequenced="" in="" south="" africa,="" 617="" (84·2%)="" of="" 733="" were="" delta="" and="" one="" (0·1%)="" of="" 733="" was="" omicron="" in="" october="" 2021,="" and="" 148="" (13·7%)="" of="" 1082="" were="" delta="" and="" 881="" (81·4%)="" of="" 1082="" were="" omicron="" in="" november="" 2021,="" suggesting="" that="" the="" majority="" of="" non-sgtf="" infections="" were="" delta.20="" third,="" our="" analysis="" was="" done="" during="" the="" early="" fourth="" wave,="" in="" which="" numbers="" of="" people="" with="" covid-19="" were="" small,="" patients="" with="" milder="" symptoms="" were="" more="" likely="" to="" be="" admitted="" to="" the="" hospital="" (compared="" with="" peak="" wave="" periods),="" and="" there="" could="" have="" been="" a="" lag="" in="" hospitalizations="" and="" severe="" disease="" outcomes="" caused="" by="" the="" omicron="" variant.="" we="" accounted="" for="" this="" limitation="" by="" only="" including="" hospitalized="" patients="" with="" known="" outcomes,="" censoring="" cases="" to="" ensure="" at="" least="" 3="" weeks="" of="" follow-up,="" and="" adjusting="" for="" the="" time="" interval="" between="" diagnosis="" and="" hospitalization="" in="" the="" severity="" models.="" the="" inclusion="" of="" individuals="" only="" with="" accumulated="" in-hospital="" outcomes="" could="" have="" biased="" individuals="" with="" sgtf="" infections="" towards="" shorter="" hospital="" stays;="" hence,="" this="" result="" should="" be="" interpreted="" with="" caution.="" fourth,="" we="" compared="" individuals="" with="" covid-19="" during="" the="" full="" delta="" wave="" to="" those="" with="" covid-19="" during="" the="" ascending="" phase="" of="" the="" omicron="" wave,="" which="" could="" have="" biased="" comparisons="" if="" case="" characteristics="" differ="" between="" ascending="" and="" descending="" wave="" phases="" or="" if="" the="" threshold="" for="" hospitalization="" changed="" in="" the="" different="" time="" periods.="" data="" from="" the="" datcov="" program="" suggest="" that="" the="" proportion="" of="" patients="" with="" severe="" covid-19="" does="" not="" vary="" substantially="" through="" the="" different="" wave="" phases.11="" finally,="" we="" only="" had="" information="" on="" vaccination="" status="" for="" hospitalized="" individuals="" with="" covid-19,="" which="" was="" also="" based="" on="">

Meskipun varian omicron baru terdeteksi baru-baru ini, terjadi peningkatan pesat dalam prevalensi infeksi SGTF di seluruh provinsi Afrika Selatan selama November 2021, dengan penggantian varian delta yang hampir lengkap dalam jangka waktu 4 minggu. Analisis awal kami menunjukkan penurunan risiko masuk rumah sakit secara signifikan di antara individu yang terinfeksi SGTF dibandingkan dengan individu yang tidak terinfeksi SGTF yang didiagnosis antara 1 Oktober dan 30 November 2021, dan penurunan risiko penyakit parah di antara individu yang terinfeksi SGTF dibandingkan dengan varian delta individu yang terinfeksi. Kekebalan (karena infeksi sebelumnya, vaksinasi, atau keduanya) pada individu yang terinfeksi varian omicron mungkin, sebagian, menjelaskan penurunan keparahan ini. Potensi virulensi intrinsik yang berkurang sehubungan dengan varian omicron mungkin juga berkontribusi pada pengurangan keparahan COVID-19 yang diamati. Studi masa depan yang menghubungkan data status vaksinasi dari pendaftar vaksin dapat memberikan informasi tentang pelemahan keparahan penyakit dalam kasus terobosan COVID-19 setelah vaksinasi. Data ini masih awal dan temuan dapat berubah dengan waktu tindak lanjut tambahan untuk individu yang terinfeksi SGTF yang baru didiagnosis.

manfaat cistanche salsauntukkekebalan

Referensi

1 Viana R, Moyo S, Amoako DG, dkk. Ekspansi epidemi yang cepat dari varian omicron SARS-CoV-2 di Afrika bagian selatan. Alam 2022; diterbitkan secara online pada 7 Januari.

2 Institut Nasional Penyakit Menular. Ringkasan epidemiologi mingguan COVID-19. Afrika Selatan. Minggu 48 2021. 2021.

3 SIAPA. Klasifikasi omicron (B.1.1.529): varian SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian. 26 November 2021.

4 Scheepers C, Everatt J, Amoako DG, dkk. Evolusi berkelanjutan dari SARS-CoV-2 di Afrika Selatan: garis keturunan baru dengan akumulasi cepat dari mutasi yang menjadi perhatian dan deteksi global. medRxiv 2021; diterbitkan online 24 Agustus.

5 Institut Nasional Penyakit Menular. Membangun platform pengawasan untuk menilai dampak klinis varian SARS-CoV-2 (DATCOV-Gen) di Afrika Selatan. Oktober 2021.

6 Scott L, Hsiao N, Moyo S, dkk. Lacak penyebaran omicron dengan data molekuler. Sains 2021; 374: 1454–55.

7 Cohen C, Moyes J, Tempia S, dkk. Infeksi pernapasan terkait influenza parah dalam pengaturan prevalensi HIV tinggi, Afrika Selatan, 2009-2011.

8 Jassat W, Cohen C, Tempia S, dkk. Faktor risiko COVID-19- terkait kematian di rumah sakit dalam pengaturan prevalensi HIV dan tuberkulosis yang tinggi di Afrika Selatan: sebuah studi kohort. Lancet HIV 2021; 8: e554–67.

9 Kesehatan Masyarakat Inggris. Investigasi varian baru SARS-CoV-2. Varian perhatian 202012/01. Pengarahan teknis 5. 2021.

10 Institut Nasional Penyakit Menular. Definisi gelombang COVID-19 yang diusulkan di Afrika Selatan. Nopember 2021.

11 Institut Nasional Penyakit Menular. Pembaruan pengawasan rumah sakit mingguan (DATCOV). Minggu 48. 2021.

12 Madhi SA, Kwatra G, Myers JE, dkk. Kekebalan populasi Afrika Selatan dan Covid berat-19 dengan varian omicron. medRxiv 2021; diterbitkan online 21 Desember.

13 Departemen Kesehatan Nasional. Statistik vaksin terbaru.

14 Konsorsium Pemodelan COVID Afrika Selatan-19. Pembaruan pemodelan COVID-19: pertimbangan untuk potensi gelombang keempat. 17 November 2021.

15 Pulliam JRC, van Schalkwyk C, Gubernur N, dkk. Peningkatan risiko reinfeksi SARS-CoV-2 terkait dengan munculnya varian omicron di Afrika Selatan. medRxiv 2021; dipublikasikan secara online pada 2 Desember.

16 Kleynhans J, Tempia S, Wolter N, dkk. Seroprevalensi SARS-CoV-2 dalam kohort rumah tangga pedesaan dan perkotaan selama gelombang infeksi pertama dan kedua, Afrika Selatan, Juli 2020-Maret 2021. Emerg Infect Dis 2021; 27: 3020–29.

17 Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H, Bertollini R. Tingkat keparahan reinfeksi SARS-CoV-2 dibandingkan dengan infeksi primer. N Engl J Med 2021; 385: 2487–89.

18 Meng B, Ferreira IATM, Abdullahi A, dkk. SARS-CoV-2 lonjakan omicron memediasi pelarian kekebalan, infektivitas, dan fusi sel-sel. bioRxiv 2021; diterbitkan online 22 Desember.

19 HKUMed. HKUMed menemukan omicron SARS-CoV-2 dapat menginfeksi lebih cepat dan lebih baik daripada delta di bronkus manusia tetapi dengan infeksi yang lebih ringan di paru-paru. 15 Desember 2021.

20 Institut Nasional Penyakit Menular. Jaringan untuk Pengawasan Genomik di Afrika Selatan. Pembaruan pengawasan genomik SARS-CoV-2. 17 Desember 2021.